目錄
第一章 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)概論 1
1.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的提出與發(fā)展 1
1.1.1 提出背景 1
1.1.2 發(fā)展過程 2
1.1.3 發(fā)展現(xiàn)狀 3
1.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究模式 4
1.2.1 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 4
1.2.2 網(wǎng)絡(luò)可視化 6
1.2.3 網(wǎng)絡(luò)分析 6
1.2.4 網(wǎng)絡(luò)驗(yàn)證 7
1.3 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的優(yōu)勢和挑戰(zhàn) 9
1.3.1 優(yōu)勢和應(yīng)用 9
1.3.2 面臨的挑戰(zhàn) 13
1.3.3 發(fā)展的方向 16
參考文獻(xiàn) 16
第二章 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析常用工具 21
2.1 中藥成分分析技術(shù)與工具 21
2.1.1 中藥成分采集技術(shù) 21
2.1.2 中藥成分檢索工具 23
2.2 中藥成分靶點(diǎn)檢索工具 32
2.2.1 SwissTargetPrediction：生物活性小分子靶點(diǎn)檢索網(wǎng)站 33
2.2.2 PharmMapper：藥效團(tuán)模型分子垂釣數(shù)據(jù)庫 33
2.2.3 ChemMapper：靶點(diǎn)預(yù)測及化學(xué)關(guān)系研究平臺(tái) 34
2.2.4 HIT 2.0：草藥成分靶標(biāo)平臺(tái) 34
2.2.5 Bingding DB：藥物靶點(diǎn)和小分子互作數(shù)據(jù)庫 35
2.2.6 SEA：相似集成方法數(shù)據(jù)庫 35
2.2.7 TargetNet：藥物-靶標(biāo)相互作用預(yù)測數(shù)據(jù)庫 36
2.2.8 ChEMBL：藥物化學(xué)數(shù)據(jù)庫 37
2.2.9 STITCH：化學(xué)品相互作用網(wǎng)絡(luò) 37
2.2.10 ZINC虛擬篩選市售化合物數(shù)據(jù)庫 38
2.2.11 PDTD：潛在藥物靶標(biāo)庫 38
2.2.12 SuperPred：化合物-靶標(biāo)相互作用數(shù)據(jù)庫 39
2.2.13 DGIdb：藥物-基因相互作用數(shù)據(jù)庫 40
2.2.14 HERB：中藥高通量實(shí)驗(yàn)和參考指南數(shù)據(jù)庫 40
2.2.15 ACNPD：抗腫瘤天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫 41
2.2.16 TCMIO：中藥腫瘤免疫數(shù)據(jù)庫 41
2.3 疾病靶點(diǎn)相關(guān)數(shù)據(jù)庫 43
2.3.1 OMIM：在線孟德爾人類遺傳數(shù)據(jù)庫 43
2.3.2 TTD：治療靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫 43
2.3.3 DRUGBANK：藥物和藥物靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫 44
2.3.4 DisGeNET：疾病綜合信息查詢平臺(tái) 45
2.3.5 GeneCards：人類基因綜合數(shù)據(jù)庫 45
2.3.6 GEO：基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫 46
2.3.7 MalaCards：人類疾病數(shù)據(jù)庫 46
2.3.8 GEPIA2：基于基因表達(dá)水平值的交互式分析平臺(tái) 47
2.4 常用特定疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫 48
2.4.1 HAGR：人類衰老基因組資源 48
2.4.2 ProMENDA：抑郁癥相關(guān)蛋白質(zhì)和代謝物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫 48
2.4.3 CTD：比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫 49
2.5 常用蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫 50
2.5.1 STRING：互作基因/蛋白質(zhì)檢索工具 50
2.5.2 BioGRID：交互數(shù)據(jù)集生物通用存儲(chǔ)庫 50
2.5.3 IntAct：分子相互作用數(shù)據(jù)庫 52
2.6 富集分析數(shù)據(jù)庫 52
2.6.1 DAVID：生物信息整合富集分析功能數(shù)據(jù)庫 53
2.6.2 Metascape：基因功能分析數(shù)據(jù)庫 53
2.6.3 ClueGO：Cytoscape富集分析插件 53
2.6.4 FunRich：功能富集和網(wǎng)絡(luò)分析工具 54
2.6.5 Reactome：生物過程知識(shí)庫 55
2.6.6 GeneMANIA：基因功能分析數(shù)據(jù)庫 56
2.7 中藥-成分-靶點(diǎn)-疾病可視化相關(guān)工具 56
2.7.1 Cytoscape 57
2.7.2 Gephi 57
2.8 分子對(duì)接常用軟件 57
2.8.1 SYBYL：綜合分子模擬軟件 58
2.8.2 Schrodinger：分子模擬軟件 58
2.8.3 AutoDock：開源免費(fèi)分子模擬軟件 59
2.8.4 SeeSAR：藥物設(shè)計(jì)軟件 60
2.8.5 GOLD：計(jì)算大小分子結(jié)合模式的分子對(duì)接程序 60
參考文獻(xiàn) 61
第三章 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析實(shí)踐教程 66
3.1 中藥成分采集實(shí)踐流程 66
3.1.1 數(shù)據(jù)庫檢索法：以 TCMSP數(shù)據(jù)庫為例 66
3.1.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)定性法：高分辨質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)合數(shù)據(jù)庫進(jìn)行成分表征 67
3.1.3 GNPS數(shù)據(jù)庫實(shí)踐案例 69
3.1.4 TCMID數(shù)據(jù)庫實(shí)踐案例 72
3.1.5 BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫實(shí)踐案例 74
3.2 中藥成分靶點(diǎn)檢索實(shí)踐案例 76
3.2.1 SwissTargetPrediction實(shí)踐案例 76
3.2.2 PharmMapper實(shí)踐案例 78
3.2.3 ChemMapper實(shí)踐案例 79
3.2.4 SEA實(shí)踐案例 81
3.3 疾病靶點(diǎn)相關(guān)數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 82
3.3.1 OMIM數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 82
3.3.2 TTD數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 83
3.3.3 DrugBank數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 84
3.3.4 DisGeNET數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 87
3.4 蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫使用實(shí)踐流程 89
3.4.1 STRING數(shù)據(jù)庫研究蛋白互作實(shí)踐流程 89
3.4.2 BioGRID數(shù)據(jù)庫研究蛋白互作實(shí)踐流程 90
3.5 基因功能富集分析實(shí)踐流程 92
3.5.1 GO分析實(shí)踐流程 92
3.5.2 KEGG分析實(shí)踐流程 93
3.5.3 富集分析可視化實(shí)踐流程 94
3.6 基于 Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)可視化實(shí)踐流程 96
3.7 分子對(duì)接實(shí)踐流程 99
3.7.1 從PDB數(shù)據(jù)庫中篩選蛋白結(jié)構(gòu) 100
3.7.2 小分子結(jié)構(gòu)文件的獲取 101
3.7.3 蛋白質(zhì)受體結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)換 101
3.7.4 小分子配體結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)換 102
3.7.5 計(jì)算網(wǎng)格能量 103
3.7.6 運(yùn)行AutoDock 103
3.7.7 結(jié)果可視化 105
第四章 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)模式研究案例 106
4.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測研究 106
4.1.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分子對(duì)接預(yù)測研究 106
4.1.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合文獻(xiàn)分析研究112
4.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證 120
4.2.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證 120
4.2.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合LC-MS成分分析研究 134
4.2.3 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究 146
4.2.4 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合蛋白質(zhì)組學(xué)研究 162
4.2.5 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合代謝組學(xué)研究 174
4.2.6 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合微生物組學(xué)研究 183
參考文獻(xiàn) 197
第五章 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)應(yīng)用研究案例 198
5.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中藥藥性理論方面的應(yīng)用研究 198
5.1.1 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在四性方面的應(yīng)用研究 198
5.1.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在五味方面的應(yīng)用研究 198
5.1.3 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在歸經(jīng)方面的應(yīng)用研究 203
5.1.4 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在升降浮沉方面的應(yīng)用研究 204
5.1.5 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在方劑配伍方面的應(yīng)用研究 205
5.2 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中藥質(zhì)量標(biāo)志物方面的應(yīng)用研究 209
5.3 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中藥安全性評(píng)價(jià)方面的應(yīng)用研究211
5.4 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中藥新藥研發(fā)方面的應(yīng)用研究 218
5.5 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中成藥二次開發(fā)方面的應(yīng)用研究 221
參考文獻(xiàn) 236
附錄主要英文縮寫詞英中對(duì)照 237