比較人類與其他動物的基因可以知道，在人的雛形——類人猿之前，人的基因與許多動物相似，而且與特別低等的動物也有很多相似之處。證據(jù)之一是果蠅基因組的完全測序。果蠅的基因至少有一半與哺乳動物的基因相似，而且果蠅的基因中有177個與人體中引起疾病的基因相似。在這些相似的基因中，果蠅含有人類已知的癌癥基因的67％，其中有抗癌基因P53，在已查明的引起人類腎病的8個基因中，果蠅含有7個，而且果蠅基因中也包含引起人類神經(jīng)疾病和神經(jīng)肌肉疾病的基因。不僅如此，在線蟲、酵母等低等生物中也發(fā)現(xiàn)了與人類基因相似的基因，而這些基因大多是引起人類疾病的基因。
    與人類的約30億個堿基對相比，果蠅基因的堿基對只有1.8億對，自然說明了低等動物與高等動物之間的巨大差異。但果蠅有177個基因與人體中引起疾病的基因相似也說明了另一些問題。首先，果蠅的基因有與人相似的基因說明生物進(jìn)化的總原則，從無機(jī)到有機(jī)，從低級到高級，而且在類人猿之前，人與低等動物擁有過更早的共同祖先，而且很有可能人也是從果蠅這種低等動物進(jìn)化而來的。
    其次，在進(jìn)化中，一些不好的基因同樣伴隨著人和動物，但是在人身上體現(xiàn)為引起疾病，而在動物身上并不一定引發(fā)疾病，這又說明了動物與人的適應(yīng)環(huán)境的能力是不一樣的，究竟誰好誰壞、誰高誰低還難以評說。
    達(dá)爾文早就論斷，人是從猴子進(jìn)化而來的。但是，基因中蘊(yùn)含的信息卻對此假說提出了一些挑戰(zhàn)。先是南非自然博物館的研究人員提出人是從狗進(jìn)化而來的，后來又有一些人認(rèn)為在智商和身體的外表方面，海豚與人最相似，因而有人是從海豚進(jìn)化而來的假說。而且人也是從海洋逐步走向陸地的。由于器官移植的發(fā)展，在尋找動物器官代用品時又發(fā)現(xiàn)豬的基因與人很相似，因而決定用轉(zhuǎn)基因豬作為供體器官的來源，這說明豬也可能是人的祖先。