目錄
第一章 緒論（1）
第一節(jié) 新藥開發(fā)的基本途徑和方法（1）
第二節(jié) 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的常用研究方法（10）
第三節(jié) 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的常用軟件（14）
第四節(jié) 近年來CADD在藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用實(shí)例（19）
參考文獻(xiàn)（21）
第二章 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的相關(guān)基礎(chǔ)（23）
第一節(jié) 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的生命科學(xué)基礎(chǔ)（23）
第二節(jié) 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的藥學(xué)基礎(chǔ)（40）
第三節(jié) 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的Linux基礎(chǔ)（48）
參考文獻(xiàn)（62）
第三章 常用數(shù)據(jù)庫和基礎(chǔ)軟件的使用（64）
第一節(jié) 藥物設(shè)計(jì)常用數(shù)據(jù)庫（64）
第二節(jié) 藥物和靶點(diǎn)的三維結(jié)構(gòu)顯示及繪制軟件（79）
第三節(jié) EndNote文獻(xiàn)管理（85）
參考文獻(xiàn)（91）
第四章 基于配體的藥物分子設(shè)計(jì)（92）
第一節(jié) 定量構(gòu)效關(guān)系（QSAR）（92）
第二節(jié) 藥效團(tuán)模型（119）
參考文獻(xiàn)（125）
第五章 基于受體的藥物分子設(shè)計(jì)（129）
第一節(jié) 分子對(duì)接的原理和分類（129）
第二節(jié) 分子對(duì)接的搜索算法（130）
第三節(jié) 分子對(duì)接的打分函數(shù)（134）
第四節(jié) 分子對(duì)接的操作流程（138）
第五節(jié) 分子對(duì)接實(shí)例（144）
第六節(jié) 虛擬篩選實(shí)例（147）
參考文獻(xiàn)（153）
第六章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測及全新藥物設(shè)計(jì)（158）
第一節(jié) 同源建模（158）
第二節(jié) 同源模建實(shí)例（171）
第三節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測（178）
第四節(jié) 全新藥物設(shè)計(jì)方法（182）
參考文獻(xiàn)（186）
第七章 分子動(dòng)力學(xué)模擬（190）
第一節(jié) 分子動(dòng)力學(xué)模擬的原理（190）
第二節(jié) 恒溫恒壓分子動(dòng)力學(xué)模擬與溶劑模型（196）
第三節(jié) 分子動(dòng)力學(xué)模擬的主要步驟（201）
第四節(jié) 分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)例（210）
參考文獻(xiàn)（231）
第八章 結(jié)合自由能的計(jì)算（234）
第一節(jié) 生物大分子體系結(jié)合自由能研究的背景及意義（234）
第二節(jié) 結(jié)合自由能計(jì)算方法（238）
第三節(jié) 基于MM/PBSA自由能算法的操作實(shí)例（241）
第四節(jié) 自由能計(jì)算實(shí)例（247）
參考文獻(xiàn)（258）
第九章 藥物靶點(diǎn)的構(gòu)象分析（260）
第一節(jié) 藥物靶點(diǎn)基礎(chǔ)（260）
第二節(jié) 粗�；�模型（262）
第三節(jié) 自由能曲面（275）
第四節(jié) 聚類分析（279）
第五節(jié) 自由能曲面和聚類分析實(shí)例（282）
第六節(jié) ProDy使用（286）
參考文獻(xiàn)（291）
第十章 藥物設(shè)計(jì)常用的數(shù)值分析（295）
第一節(jié) 相關(guān)和回歸分析（295）
第二節(jié) ROC曲線（305）
第三節(jié) 基于貝葉斯分類的類藥性預(yù)測（313）
第四節(jié) Matlab在藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用（322）
參考文獻(xiàn)（337）
附錄 常用Linux計(jì)算軟件的安裝（339）
中英文對(duì)照索引（347）
附圖（363）