第1章 R語(yǔ)言基礎(chǔ)
1.1 R語(yǔ)言簡(jiǎn)介
1.1.1 R語(yǔ)言的開(kāi)發(fā)歷史
1.1.2 R語(yǔ)言的特色與功能
1.2 R語(yǔ)言的安裝
1.2.1 R軟件的安裝
1.2.2 R軟件包的安裝
1.3 R軟件包的使用與引用
1.3.1 軟件包的載入、卸載與刪除
1.3.2 R或相關(guān)軟件包的引用
1.4 R使用簡(jiǎn)介
1.4.1 R的界面設(shè)置
1.4.2 R會(huì)話
1.4.3 當(dāng)前工作目錄
1.4.4 R命令
1.4.5 命名字符集
1.4.6 命令行的重復(fù)輸入
1.4.7 R命令行的注釋
1.4.8 保存先前命令產(chǎn)生的結(jié)果及變量的保存
1.4.9 獲取幫助
1.4.10 R中對(duì)象的查找
1.4.11 獲取和設(shè)定環(huán)境變量
1.5 R代碼的編輯
1.6 R運(yùn)行環(huán)境的定制
1.6.1 通過(guò)文件定制R環(huán)境
1.6.2 通過(guò)定義.First（）函數(shù)與.Last（）函數(shù)定制R環(huán)境
1.6.3 通過(guò)自定義普通函數(shù)執(zhí)行初始化


第2章 R的數(shù)據(jù)
2.1 R的數(shù)據(jù)類(lèi)型
2.1.1 數(shù)值型（numeric）
2.1.2 字符型（character）
2.1.3 復(fù)數(shù)型（complex）
2.1.4 邏輯型（logical）
2.2 R中的數(shù)據(jù)組織方式
2.2.1 向量
2.2.2 純量
2.2.3 數(shù)組
2.2.4 數(shù)據(jù)框
2.2.5 列表
2.2.6 時(shí)間系列數(shù)據(jù)
2.2.7 因子
2.3 數(shù)據(jù)類(lèi)型的判斷與強(qiáng)制轉(zhuǎn)換
2.3.1 數(shù)據(jù)類(lèi)型的判斷
2.3.2 數(shù)據(jù)類(lèi)型的強(qiáng)制轉(zhuǎn)換
2.4 數(shù)據(jù)的運(yùn)算
2.4.1 數(shù)學(xué)運(yùn)算
2.4.2 比較運(yùn)算與邏輯運(yùn)算
2.4.3 數(shù)據(jù)的操作函數(shù)
2.5 R中的對(duì)象
2.6 數(shù)據(jù)的輸入與輸出
2.6.1 數(shù)據(jù)的輸入
2.6.2 其他格式文件的輸入
2.6.3 數(shù)據(jù)的輸出
2.6.4 R中的數(shù)據(jù)集
2.6.5 其他統(tǒng)計(jì)軟件數(shù)據(jù)的讀取
2.7 數(shù)據(jù)的編輯
2.7.1 數(shù)據(jù)編輯方法
2.7.2 數(shù)據(jù)的融合


第3章 R的圖形繪制
3.1 圖形設(shè)備
3.1.1 顯示器圖形設(shè)備
3.1.2 文件設(shè)備
3.1.3 打印機(jī)設(shè)備
3.2 繪圖區(qū)域與坐標(biāo)系統(tǒng)
3.2.1 設(shè)備區(qū)域
3.2.2 圖形區(qū)域設(shè)置
3.2.3 坐標(biāo)系統(tǒng)
3.3 高級(jí)繪圖函數(shù)
3.3.1 簡(jiǎn)單的圖形繪制
3.3.2 顏色繪制
3.3.3 文本字符
3.3.4 坐標(biāo)軸
3.3.5 線
3.3.6 符號(hào)
3.4 其他高級(jí)繪圖函數(shù)
3.4.1 直方圖
3.4.2 柱狀圖
3.4.3 箱線圖
3.4.4 餅圖
3.4.5 QQ繪制
3.4.6 條件繪制
3.4.7 散點(diǎn)陣列圖
3.4.8 地圖繪制
3.4.9 位圖數(shù)據(jù)的顯示
3.5 低級(jí)繪圖函數(shù)
3.5.1 添加圖元
3.5.2 圖形工具函數(shù)
3.5.3 圖形邊緣標(biāo)注與圖例繪制
3.5.4 軸繪制
3.6 圖形疊加繪制
3.7 交互式圖形函數(shù)


第4章 概率分布
4.1 單變量連續(xù)分布
4.1.1 單變量正態(tài)分布
4.1.2 對(duì)數(shù)正態(tài)分布
4.1.3 Gaamma類(lèi)分布函數(shù)
4.1.4 Beta類(lèi)分布
4.2 單變量離散分布
4.2.1 二項(xiàng)分布
4.2.2 泊松分布
4.2.3 負(fù)二項(xiàng)分布
4.3 經(jīng)驗(yàn)分布及隨機(jī)采樣
4.3.1 經(jīng)驗(yàn)分布
4.3.2 基于樣本的隨機(jī)數(shù)
4.3.3 一個(gè)隨機(jī)測(cè)試的例子


第5章 程序控制結(jié)構(gòu)與函數(shù)
5.1 表達(dá)式
5.1.1 簡(jiǎn)單表達(dá)式
5.1.2 復(fù)合表達(dá)式
5.2 R的控制結(jié)構(gòu)
5.2.1 分支結(jié)構(gòu)
5.2.2 循環(huán)結(jié)構(gòu)
5.3 函數(shù)
5.3.1 函數(shù)的定義
5.3.2 函數(shù)的參數(shù)
5.3.3 作用域
5.3.4 返回函數(shù)的函數(shù)
5.3.5 函數(shù)的編輯
5.3.6 程序調(diào)試


第6章 漁業(yè)模型及參數(shù)估計(jì)
6.1 漁業(yè)模型
6.1.1 模型的概念
6.1.2 漁業(yè)模型及假設(shè)
6.1.3 參數(shù)估計(jì)與模型選擇的不確定性
6.2 模型參數(shù)的估計(jì)方法
6.2.1 最小二乘法估計(jì)
6.2.2 最大似然估計(jì)
6.2.3 貝葉斯參數(shù)估計(jì)


第7章 計(jì)算機(jī)模擬計(jì)算方法
7.1 隨機(jī)檢驗(yàn)
7.2 Jackknife方法
7.3 Bootstrap方法
7.3.1 一般Bootstrap方法
7.3.2 平衡Bootstrap方法
7.4 蒙特卡洛模擬


第8章 魚(yú)類(lèi)的生長(zhǎng)
8.1 魚(yú)類(lèi)生長(zhǎng)的數(shù)學(xué)模型
8.1.1 體長(zhǎng)與體重關(guān)系模型
8.1.2 年齡與體長(zhǎng)、體重的關(guān)系
8.2 參數(shù)估計(jì)
8.2.1 年齡與體長(zhǎng)數(shù)據(jù)下的參數(shù)估計(jì)
8.2.2 對(duì)于標(biāo)志放流類(lèi)數(shù)據(jù)
8.2.3 其他生長(zhǎng)方程的擬合
8.3 生長(zhǎng)方程模型的選擇與比較
8.3.1 生長(zhǎng)方程模型的選擇
8.3.2 生長(zhǎng)方程模型的比較


第9章 親體與補(bǔ)充量關(guān)系模型
9.1 繁殖模型
9.1.1 B-H模型
9.1.2 Ricker模型
9.1.3 Deriso-Schnute模型
9.1.4 環(huán)境因素在繁殖模型中的作用
9.1.5 繁殖模型的誤差結(jié)構(gòu)
9.2 參數(shù)估計(jì)
9.2.1 產(chǎn)卵生物量沒(méi)有測(cè)量誤差時(shí)的參數(shù)估計(jì)
9.2.2 產(chǎn)卵生物量存在測(cè)量誤差時(shí)的參數(shù)估計(jì)
9.2.3 存在自相關(guān)性
9.2.4 基于貝葉斯的參數(shù)估計(jì)


第10章 世代動(dòng)態(tài)模型
10.1 魚(yú)類(lèi)的死亡與世代數(shù)量的變化
10.2 單位補(bǔ)充量漁獲尾數(shù)與產(chǎn)量
10.3 單位補(bǔ)充量產(chǎn)量模型的應(yīng)用
10.3.1 計(jì)算不同F(xiàn)及開(kāi)捕年齡下的單位補(bǔ)充量產(chǎn)量
10.3.2 等漁獲量曲線圖
10.3.3 F0.1與Fmax


第11章 單位捕撈努力量漁獲量
11.1 基本概念
11.1.1 捕撈努力量
11.1.2 單位捕撈努力量漁獲量（CPUE）
11.1.3 CPUE與資源量的關(guān)系
11.1.4 CPUE與子區(qū)域CPUE的關(guān)系
11.1.5 CPUE的標(biāo)準(zhǔn)化
11.2 CPUE標(biāo)準(zhǔn)化模型與模型選擇
11.2.1 CPUE標(biāo)準(zhǔn)化模型
11.2.2 模型的選擇
11.3 CPUE標(biāo)準(zhǔn)化中需注意的問(wèn)題與展望
11.3.1 捕撈量為零數(shù)據(jù)的處理
11.3.2 交互效應(yīng)的處理
11.3.3 捕撈努力量的空間分布對(duì)CPUE標(biāo)準(zhǔn)化的影響
11.3.4 數(shù)據(jù)尺度對(duì)CPUE標(biāo)準(zhǔn)化的影響
11.3.5 多魚(yú)種漁業(yè)的cPuE標(biāo)準(zhǔn)化
11.3.6 未來(lái)展望
11.4 CPUE標(biāo)準(zhǔn)化的例子
11.4.1 GLM模型對(duì)CPUE的標(biāo)準(zhǔn)化
11.4.2 貝葉斯方法對(duì)CPUE的標(biāo)準(zhǔn)化
11.4.3 GAM對(duì)CPUE進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化
11.4.4 一般線性混合模型對(duì)CPUE的標(biāo)準(zhǔn)化
11.4.5 廣義估計(jì)方程對(duì)CPUE的標(biāo)準(zhǔn)化


第12章 生物量動(dòng)態(tài)模型
12.1 漁業(yè)資源評(píng)估模型的基本結(jié)構(gòu)
12.2 生物量動(dòng)態(tài)模型的種群動(dòng)態(tài)
12.2.1 種群生物量動(dòng)態(tài)模型
12.2.2 Schaefer生物量動(dòng)態(tài)模型
12.3 生物量動(dòng)態(tài)模型的參數(shù)估計(jì)
12.3.1 回歸方法
12.3.2 時(shí)間系列方法
12.3.3 Bootstrap方法估計(jì)參數(shù)的置信區(qū)間
12.3.4 貝葉斯方法
12.4 投影與風(fēng)險(xiǎn)分析
12.5 r的先驗(yàn)設(shè)置
參考文獻(xiàn)