在總結和吸取近年來國家和地方農村飲水安全工程政策等經驗的基礎上，按照國家相關政策性文件的相關要求，水利部農村水利司指出：
（1）在搞好工程建設的同時，采取綜合措施，切實保護好飲用水源，防止污染和人為破壞；按照“污染者付費、破壞者恢復”的環(huán)境責任原則，加強源頭治理。對集中式供水工程，要強化工程衛(wèi)生學評價工作，加強水質凈化處理，完善水質檢測與監(jiān)測制度，確保水質達標、水量有保障；對分散式供水工程，要因地制宜地建立水質檢測和監(jiān)測巡檢制度，及時掌握水質、水量等信息，發(fā)現(xiàn)問題及時處理。
（2）加強農村飲用水安全工程建設與城鎮(zhèn)化和新農村建設規(guī)劃等有機銜接，根據(jù)當?shù)爻擎?zhèn)化進程和農村人口變動的實際，城鄉(xiāng)統(tǒng)籌，合理確定工程布局和規(guī)模，避免重復建設。人口居住較集中的地區(qū)，應打破村、鎮(zhèn)、農村行政區(qū)域界限，盡可能發(fā)展適度規(guī)模的聯(lián)片集中供水，有條件的地方提倡依托城鎮(zhèn)自來水廠延伸供水管網(wǎng)，供水到戶；暫時不具備條件的地區(qū)，供水系統(tǒng)可暫先建到集中給水點。
（3）規(guī)模較大的集中式供水工程，要實行專業(yè)化管理，工程開工前，要明晰工程所有權、落實管理機構，明確合理的水價和收費辦法，建立技術服務體系，同時積極推行用水戶全過程參與，確保供水工程發(fā)揮最佳效益。要加強前期工作，嚴格項目審查審批程序，嚴格項目建設管理、資金管理和工程驗收，確保工程安全、資金安全和生產安全。