目錄
序一
序二
前言
第一部分 動物分類學初步
第1章 動物分類學簡史 3
1.1 林奈之前 4
1.2 林奈與布豐 6
1.3 拉馬克與居維葉及其他學者 7
1.4 達爾文與華萊士 8
1.5 邁爾與亨尼希 9
1.6 分支分類學派、進化分類學派與數(shù)值分類學派 11
1.7 今天的動物分類學 12
第2章 系統(tǒng)學的項目設計、樣本采集與保存 l4
2.1 針對問題的形態(tài)特征或分子標記選取 14
2.1.1 種群結(jié)構研究 14
2.1.2 種間界限與種群間雜交研究 15
2.1.3 高級階元系統(tǒng)發(fā)育研究 15
2.2 針對類群行為特點的采集方法 16
2.2.1 采集策略 16
2.2.2 采集方法 16
2.3 針對個體結(jié)構特點的保存方法 19
第二部分 動物分類學的經(jīng)典內(nèi)容和α分類的新內(nèi)容
第3章 《國際動物命名法規(guī)》第四版概述 23
3.1雙名法及若干相關問題 24
3.2 《法規(guī)》對于電子出版物的態(tài)度 24
3.3 可用名 25
3.4 優(yōu)先權和有效名 26
3.5 各階元的名稱構成及使用 27
3.5.1 科級分類單元 27
3.5.2 屬級分類單元 27
3.5.3 種級分類單元 28
3.6異名關系 30
3.7 同名關系 31
3.8模式 33
3.8.1 科級分類單元 33
3.8.2 屬級分類單元 34
3.8.3 種級分類單元 36
3.9展望 38
第4章 動物分類學的經(jīng)典工作內(nèi)容 40
4.1 鑒定 40
4.2 描述、繪圖和照相 42
4.3 修訂及新命名分類單元的記述 43
4.4 階元層級與分類系統(tǒng) 44
4.5 檢索表 45
4.6 地理分布 46
第5章 形態(tài)學新技術的引入 48
5.1 數(shù)字化繪圖 48
5.2 電子顯微鏡 50
5.3 激光共聚焦顯微鏡 52
5.4 微型斷層掃描 54
5.5 幾何形態(tài)學 55
5.6全形態(tài) 56
5.7 分類學的網(wǎng)絡化時代 57
第6章 無法統(tǒng)一的物種概念 60
6.1 生物學類的物種概念 62
6.2 生物學物種概念在現(xiàn)實中的困難 62
6.3 系統(tǒng)發(fā)育類的物種概念 63
第7章 分子鑒定：DNA條形編碼 68
7.1 標記的選定 69
7.2 鑒定的算法 72
7.3 結(jié)果的采用 72
7.4 BOLD數(shù)據(jù)庫規(guī)范簡介 73
7.4.1 項目立項的規(guī)范 73
7.4.2 數(shù)據(jù)提交的規(guī)范 73
7.5 DNA條形碼能否助力譜系物種概念和譜系命名法規(guī)？ 74
7.5.1 譜系命名法規(guī)概述 74
7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode 75
7.6 轉(zhuǎn)基因生物與合成生物學 76
第三部分 生物地理學概述
第8章 物種形成：種群遺傳和地理 81
8.1 種化方式與地理之間的關系 81
8.2 種群遺傳分異與生態(tài)因素的協(xié)同 83
8.3 種群遺傳動態(tài) 83
第9章 物種地理分布格局：地質(zhì)與生態(tài) 87
9.1 物種分異與地質(zhì)歷史的協(xié)同 87
9.1.1 第四紀及其之前的歷史梗概 87
9.1.2 第四紀冰期與間冰期 90
9.1.3 人類的擴散遷移及其影響 92
9.2 階元級別與分布格局形成機制的解釋 96
9.2.1 擴散理論 96
9.2.2 泛生物地理學 96
9.2.3 分支生物地理學 97
9.3 生態(tài)因子對物種分布的限制 99
第四部分 系統(tǒng)發(fā)育
第10章 系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學與分支分析 105
10.1 相似與同源 105
10.2 類群相關概念 106
10.3 特征相關概念 107
10.3.1 性狀選取與性狀狀態(tài) 107
10.3.2 性狀評價與性狀加權 108
10.3.3 性狀的區(qū)分 109
10.4 樹圖相關概念 109
10.4.1 Hennig論證 110
10.4.2 筒約原則與樹長 110
10.4.3 樹的搜索 111
10.4.4 樹的合意 112
10.4.5 樹的評價與檢驗 112
10.4.6 若干問題 113
10.5 主干種 114
10.6 分支圖與分類系統(tǒng) 115
10.6.1 Hennig的同等級別法 116
10.6.2 Wilev等(1991)提出的三個規(guī)則 116
10.6.3 9個約定 116
10.7 樹的其他用途 117
10.8 分子系統(tǒng)發(fā)育 117
10.9 不同信息來源結(jié)果的整合 119
10.9.1 古DNA和古蛋白質(zhì) 119
10.9.2 超級樹 120
10.10 基于形態(tài)信息與基于分子信息的分支分析研究 121
第11章 分子系統(tǒng)學的實驗部分 128
11.1 核酸提取 129
11.1.1 DNA的提取 130
11.1.2 線粒體基因組的純化分離 134
11.1.3 RNA的提取 135
11.2 PCR技術、純化回收與克隆 137
11.2.1 一般的PCR 139
11.2.2 巢式PCR 141
11.2.3 增效PCR 142
11.2.4 TAIIL-PCR 142
11.2.5 反轉(zhuǎn)錄PCR 143
11.2.6 長PCR 144
11.2.7 純化回收與克隆 145
11.3 序列測定與拼接和申報 147
11.3.1 Sanger法測序原理 147
11.3.2 短片段直接測序 148
11.3.3 高通量測序 148
11.3.4 單分子測序 150
11.3.5 序列拼接和申報 151
第12章 分子系統(tǒng)學的生物信息學部分 153
12.1 序列數(shù)據(jù)庫建立 153
12.1.1 序列數(shù)據(jù)的收集 153
12.1.2 標本信息與序列信息的整合 153
12.2 序列格式與轉(zhuǎn)換 154
12.2.1 序列格式類型 154
12.2.2 常用的轉(zhuǎn)換軟件 155
12.3 線粒體基因組分析 155
12.3.1 動物線粒體基因組簡況 156
12.3.2 蛋白質(zhì)編碼基因、rDNA和tRNA 156
12.4 EST與核基因組分析 156
12.4.1 EST 157
12.4.2 核基因組 158
12.5 短片段序列比對 160
12.5.1 短片段序列比對的一般方案 161
12.5.2 空位的問題以及POY軟件所做的比對 163
12.5.3 蛋白質(zhì)編碼基因的手工比對 163
12.6 rRNA二級結(jié)構分析與應用 164
12.6.1 RNA二級結(jié)構模型的手動構建 164
12.6.2 RNA二級結(jié)構的熱力學運算與結(jié)果合意 165
12.6.3 tRNA的二級結(jié)構及應用 165
12.6.4 rDNA內(nèi)含子與長度變異區(qū)段 165
12.6.5 基于rRNA二級結(jié)構的rDNA手工比對 167
12.6.6 長度變異和插入缺失作為共有衍征 167
第13章 分子系統(tǒng)學的建樹原則與算法 175
13.1 最大簡約法真的缺少模型么？ 175
13.1.1 最大簡約法與優(yōu)化式簡約 177
13.1.2 布萊默支持指數(shù) 178
13.2 最大似然法與進化模型 179
13.2.1 似然原則與最大似然法 179
13.2.2 分子序列進化模型的類型 180
13.2.3 堿基替換模型的確定 180
13.2.4 rRNA二級結(jié)構中的堿基對替換模型 181
13.2.5 氨基酸替換模型 183
13.3 貝葉斯分析及其并行化 183
13.3.1 實現(xiàn)貝葉斯分析的原理 184
13.3.2 貝葉斯分析的并行化 186
13.4 數(shù)據(jù)不相合性檢測 187
13.5 系統(tǒng)誤差與隨機誤差 188
13.6 個老套卻仍然現(xiàn)實的問題：聯(lián)合還是合意？ 189
第五部分 形態(tài)進化的分子系統(tǒng)學思考
第14章 分子鐘與中性進化 197
14.1 分子鐘 197
14.1.1 模型與檢驗 197
14.1.2 在形態(tài)進化研究中的應用 198
14.2 中性進化 198
14.2.1 模型與檢驗 198
14.2.2 在形態(tài)進化研究中的應用 200
第15章 進化發(fā)育：分子與形態(tài)之間的橋梁 202
15.1 生物發(fā)生律與馮貝爾法則 202
15.2 動物身體模式的建成 203
15.3 與局部形態(tài)相關的基因 205
15.4 無中生有：有希望的怪物 206
15.5 有中生有：結(jié)構演化與新功能 206
15.6 表觀遺傳 207
15.7 個體發(fā)育與系統(tǒng)發(fā)育 207
15.8 發(fā)育或形態(tài)特征作為共有衍征 208
15.9 原位雜交簡介 208
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