《常用生物數(shù)據(jù)分析軟件》較為系統(tǒng)全面地介紹了生物信息學(xué)分析各個(gè)方面的軟件用法，結(jié)合光盤具體實(shí)例，方便使用。全書共分8章，內(nèi)容包括：Unix/Linux操作系統(tǒng)介紹，介紹了基本的Unix/Linux操作命令；數(shù)據(jù)的基本處理，介紹了如何處理常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)；序列的比對(duì)，介紹了常用比對(duì)軟件的用法及其在應(yīng)用過(guò)程中要注意的問(wèn)題；基因組/基因的注釋，介紹了Coding和Non-Codoing基因的預(yù)測(cè)方法；SNP分析，介紹了常用的從生物學(xué)數(shù)據(jù)中尋找SNP的軟件；進(jìn)化分析專題，介紹了幾種分子進(jìn)化分析軟件，內(nèi)容涉及進(jìn)化樹的構(gòu)建、Ka/Ks的計(jì)算等；基因表達(dá)分析專題，介紹了EST及生物芯片分析的流程和方法；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，介紹了蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的流程及方法。
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《常用生物數(shù)據(jù)分析軟件》從實(shí)際使用的具體分析工具入手，對(duì)信息分析的幾個(gè)主要方面進(jìn)行了最為細(xì)致的講解，包括軟件的安裝、輸入輸出數(shù)據(jù)的格式說(shuō)明、常用參數(shù)的選取等，并配以實(shí)例數(shù)據(jù)方便大家熟悉及使用。《常用生物數(shù)據(jù)分析軟件》還附贈(zèng)光盤，其中的每個(gè)軟件都對(duì)應(yīng)于相應(yīng)的目錄。該書可供各大專院校作為教材使用，也可供從事相關(guān)工作的人員作為參考用書使用。
目錄
序
前言
第1章 Unix/Linux操作系統(tǒng)介紹 1
1.1 遠(yuǎn)程登錄 1
1.2 文件的復(fù)制、刪除和移動(dòng)命令 6
1.3 目錄的創(chuàng)建、刪除及更改目錄命令 8
1.4 文本查看命令 10
1.5 文本處理命令 12
1.6 改變文件或目錄的權(quán)限命令 14
1.7 備份與壓縮命令 16
1.8 磁盤及系統(tǒng)管理 18
1.9 軟件安裝簡(jiǎn)介 20
1.10 其他 20
第2章 數(shù)據(jù)的基本處理 22
2.1 數(shù)據(jù)常用格式介紹 22
2.2 測(cè)序原理介紹 32
2.3 峰圖轉(zhuǎn)化(Phred) 33
2.4 文件轉(zhuǎn)換(phd2fasta) 40
2.5 載體屏蔽(cross_match) 43
2.6 序列聚類拼接 51
2.7 Consed 63
2.8 引物設(shè)計(jì)(Primer3) 77
主要參考文獻(xiàn) 82
第3章 序列的比對(duì) 83
3.1 全局比對(duì) 85
3.2 局部比對(duì) 105
主要參考文獻(xiàn) 158
第4章 基因組/基因的注釋 160
4.1 重復(fù)序列分析 160
4.2 RNA分析 177
4.3 基因預(yù)測(cè) 198
4.4 基因功能注釋 219
主要參考文獻(xiàn) 229
第5章 SNP分析 231
5.1 Polyphred 232
5.2 SNPdetector 237
5.3 cross_match 244
主要參考文獻(xiàn) 248
第6章 進(jìn)化分析專題 249
6.1 Phylip 250
6.2 Paml 257
6.3 KaKs_Calculator 263
6.4 FGF 270
6.5 MEGA 282
主要參考文獻(xiàn) 286
第7章 基因表達(dá)分析專題 287
7.1 EST表達(dá)序列標(biāo)簽分析 287
7.2 生物芯片分析 307
7.3 Motif預(yù)測(cè) 321
主要參考文獻(xiàn) 341
第8章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 343
8.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)知識(shí)介紹 343
8.2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法 350
8.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的Threading方法 350
8.4 蛋白質(zhì)二維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)流程介紹 351
主要參考文獻(xiàn) 363
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