持留菌是細菌在生長過程中隨機形成的規(guī)模小、呈休眠狀態(tài)且高度耐受抗生素的菌體亞群。已有實驗證明,細菌持留性與臨床上細菌慢性感染及耐藥性的產(chǎn)生相關。由于細菌持留性的分子機制復雜多變,給人類健康帶來諸多挑戰(zhàn)。作者從細菌持留性的基本概念、分子機制研究及相關實驗操作等方面進行了系統(tǒng)介紹,重點討論了開展細菌持留性科學研究的相關方法,以及不同分子機制實驗研究的具體操作規(guī)程。本教材闡釋系統(tǒng)、圖表簡潔,兼具理論指導性和實際操作性,可作為國內(nèi)高等院校開展相關微生物學實驗教學的指導用書,也可供從事細菌持留性相關研究的科研人員借鑒參考。
本書將系統(tǒng)介紹持留菌形成的不同分子機制及相關實驗研究的經(jīng)典操作規(guī)程,為從事細菌持留性相關研究的科研人員提供理論依據(jù)和技術指導,幫助科研教學人員深入探索持留菌的遺傳學與生物學特性,同時指導高校師生開展與持留菌相關的實驗教學活動。填
周建華,博士,副研究員,碩士研究生導師。任職于西北民族大學生物醫(yī)學研究中心,主要研究方向為病原生物學與基因工程。先后主持國家自然科學基金 2 項、甘肅省自然科學基金 1 項、優(yōu)秀青年團隊培育項目 1 項、西北民族大學引進人才科研項目 1 項及企業(yè)橫向研究課題 1 項。以第一發(fā)明人身份獲發(fā)明專利 1 項,主譯專著《細菌持留狀態(tài)研究方法與操作規(guī)程》,以第一作者或通訊作者身份于 SCI 期刊發(fā)表學術論文 7 篇,于 CSCD-C 中文期刊發(fā)表學術論文 4 篇。
馬曉霞,博士,副教授,碩士研究生導師。先后擔任西北民族大學生命科學與工程學院、生物醫(yī)學研究中心教師,曾赴荷蘭鹿特丹伊拉茲馬斯大學醫(yī)學中心肝病與腸道病研究組短期訪學。主要研究方向為病毒基因工程與病原遺傳學。先后主持甘肅省教育廳科技項目 1 項、中央高;緲I(yè)務科研項目 2 項,參與國家自然科學基金 4 項、國家教育部創(chuàng)新團隊項目及科技重大專項各 1 項。主編教材 2 部,以第一作者或通訊作者身份于 SCI 期刊發(fā)表學術論文 21 篇(累計影響因子 40 分),于CSCD-C 中文期刊發(fā)表學術論文 3 篇。
目? 錄
第 1 章? 細菌持留性的基礎知識 001
一、細菌持留性的概念 001
二、細菌持留性的研究現(xiàn)狀及展望 002
第 2 章? 持留菌形成的分子機制概論 004
一、毒素 - 抗毒素系統(tǒng) 004
二、遺傳因素對持留菌形成的影響 006
三、生物被膜形成的分子機制 007
四、細菌“社區(qū)”網(wǎng)絡的形成 010
第 3 章? 持留菌生物表型的鑒定 013
一、Ⅰ型 / Ⅱ型持留菌生物表型的鑒定 013
二、持留菌分離及鑒定的實驗操作 014
三、ScanLag 實驗法對Ⅰ型 / Ⅱ型持留菌的定量測定 017
第 4 章? 重要持留菌形成的分子機制與臨床疾病 020
一、大腸桿菌持留性的分子機制 020
二、沙門菌持留性的分子機制 023
三、鮑曼不動桿菌持留性的分子機制 030
四、結(jié)核分枝桿菌持留性的分子機制 034
五、銅綠假單胞菌持留性的分子機制 036
六、肺炎克雷伯菌持留性的分子機制 037
七、金黃色葡萄球菌持留性的分子機制 040
八、白念珠菌持留性的分子機制 043
第 5 章? 持留菌研究經(jīng)典實驗技術 045
一、基因定點突變技術的實驗操作 045
二、持留菌基因敲除技術的實驗操作 049
三、針對持留菌的免疫熒光與激光共聚焦技術 054
四、核酸探針篩選基因文庫的實驗操作 057
五、熒光活化細胞分選的實驗操作 061
六、微型液滴矩陣對持留菌的檢測與收集 066
七、生物被膜形成定量檢測的實驗方法 070
第 6 章? 大腸桿菌持留性研究的常用實驗技術 074
一、常規(guī)實驗方法分析大腸桿菌持留狀態(tài)的操作規(guī)程 074
二、優(yōu)化實驗方法進行大腸桿菌持留性分析的操作規(guī)程 076
三、毒素 - 抗毒素系統(tǒng)關鍵位點鑒定的實驗操作 080
四、周期性抗生素處理誘導持留性大腸桿菌形成的實驗操作 084
五、小鼠泌尿道持留性大腸桿菌感染模型的建立 087
第 7 章? 其他重要持留菌相關研究的經(jīng)典實驗操作 095
一、持留性銅綠假單胞菌高通量篩選的實驗操作 095
二、金黃色葡萄球菌生物被膜體外模型的建立 099
三、金黃色葡萄球菌轉(zhuǎn)座子文庫構(gòu)建的實驗操作 101
四、鮑曼不動桿菌持留性鑒定的實驗操作 106
五、白念珠菌生物被膜中持留菌檢測的實驗方法 109
第 8 章? 細菌 - 真菌混合產(chǎn)生生物被膜誘導持留菌產(chǎn)生的實驗操作 113
一、表皮葡萄球菌 - 白念珠菌混合產(chǎn)生生物被膜的實驗操作 113
二、銅綠假單胞菌 - 煙曲霉混合產(chǎn)生生物被膜的實驗操作 117
參考文獻 120
第 1 章? 細菌持留性的基礎知識
一、細菌持留性的概念
抗生素在控制臨床感染性疾病方面可謂是現(xiàn)代醫(yī)學的基石。20 世紀中期甚至被稱為“抗生素時代”,人們認為到 20 世紀末,傳染病將被根除,人類預期壽命將大幅提高。同樣,針對器官移植、風濕病學科及腫瘤學等具有高侵入性和高端手術要求的免疫調(diào)節(jié)治療也發(fā)揮著關鍵作用。然而,越來越多的細菌正在對目前使用的多種抗生素產(chǎn)生抗藥性,導致出現(xiàn)了多重耐藥(multidrug-resistant,MDR)細菌。因發(fā)現(xiàn)青霉素而獲得諾貝爾生理學或醫(yī)學獎的 Alexander Fleming 教授警告過抗生素的過度濫用可能導致細菌的廣泛耐藥性。由于新的抗微生物藥物很少,并且由于MDR 細菌的普遍存在導致治療失敗,抗生素耐藥細菌已成為現(xiàn)代醫(yī)療保健的重大威脅。
多國政府與世界衛(wèi)生組織(World Health Organization,WHO)和聯(lián)合國(United Nations,UN)一起致力于減少和預防細菌耐藥趨勢的不斷發(fā)展,這是一場與時間賽跑的競賽。瑞士達沃斯世界經(jīng)濟論壇 2019 年的最新報告強調(diào)了采取有效措施來應對“傳染病的快速和大范圍傳播”的必要性,這是人類健康面臨的最大威脅之一?股啬退幖毦鸬母腥久磕暝谌蚍秶鷥(nèi)造成數(shù)十萬人死亡,并估計在 2050 年每年將導致超過 1000 萬人死亡。另外,植入式醫(yī)療器械在高端手術治療中使用頻率的增加,如關節(jié)假體、人工心臟瓣膜、血管內(nèi)假體和起搏器,導致生物被膜相關感染的發(fā)生率增加,這反過來又導致另一個重要現(xiàn)象:抗生素耐受性。抗生素耐受性使細菌能夠在標準微生物學檢測中完全敏感的情況下,在抗生素高強度選擇壓力下存活下來。通過使用體外實驗和數(shù)學建模,Balaban 及其同事最近表明,耐受性可以先于耐藥性出現(xiàn),而耐受性突變可以導致抗生素耐藥性的快速進化。
抗生素耐藥通常導致延遲充分的抗生素治療,增加發(fā)病率和死亡率?刮⑸锬退幮裕╝nti-microbial resistence,AMR)是微生物在高抗生素濃度下生長的遺傳能力。通常通過測量特定抗生素的最小抑菌濃度(minimum inhibitory concentration,MIC)來量化,其中耐藥細菌能夠在抗生素的致命濃度下繁殖和生長,而這對同一物種的其他菌株是致命的。抗生素耐藥有不同的類型。一方面,由于缺乏或存在某些結(jié)構(gòu)而導致抗生素無效的天然內(nèi)在耐藥性。另一方面,細菌可以通過染色體基因的突變或染色體或質(zhì)粒的水平基因轉(zhuǎn)移獲得耐藥性。在諸多耐藥表型的菌株中,持留菌對人類健康威脅不容小覷。
持留菌指在致死性抗生素濃度的環(huán)境中,可耐受抗生素、菌群占比小、休眠 / 增殖緩慢、無表型遺傳性的病原微生物。病原菌的持留表型最早發(fā)現(xiàn)于 20 世紀 40 年代,但是由于當時實驗平臺未能有效滿足持留菌培養(yǎng)過程中的各種條件要求,相關形成機制的研究進展緩慢。隨著分子生物學、細胞生物學及免疫學技術的飛速發(fā)展,科研人員建立了一系列高效且穩(wěn)定性強的實驗方法,這促使了持留菌生理學、分子形成機制及遺傳學研究的突破。在諸多新創(chuàng)實驗方法的產(chǎn)生前,持留菌表型分析、抗性分析、生長抑制誘導、單菌培養(yǎng)分離等實驗方法給后續(xù)實驗技術的升級奠定了堅實基礎。我們將重點介紹常見持留菌形成的分子機制,以及相關實驗操作步驟。