在化學(xué)問(wèn)題研究中,使用數(shù)學(xué)方法的每一次嘗試都必須被認(rèn)為是極不合理的,且與化學(xué)的精神背道而馳。如果數(shù)學(xué)分析在化學(xué)中占據(jù)突出地位(一種幾乎不可能發(fā)生的反,F(xiàn)象),那么,它將導(dǎo)致這門(mén)學(xué)科迅速而廣泛地退化。
(奧古斯塔斯·孔特(17981857年),法國(guó)哲學(xué)家,出自《積極哲學(xué)》,1830年。)
不同的觀點(diǎn):
自然科學(xué)取得的進(jìn)步越大,它們就越傾向于進(jìn)入數(shù)學(xué)領(lǐng)域,這是一種它們都會(huì)匯聚到的中心。我們甚至可以通過(guò)一門(mén)科學(xué)提交計(jì)算的設(shè)施來(lái)判斷它達(dá)到的完美程度。
(阿道夫·凱特爾(17961874年),法國(guó)天文學(xué)家、數(shù)學(xué)家、統(tǒng)計(jì)學(xué)家和社會(huì)學(xué)家,寫(xiě)于1828年。)
第3版在以下方面與第2版不同:
(1) 第1版中發(fā)現(xiàn)的印刷錯(cuò)誤(我希望)已得到糾正。
(2) 修改了某些句子和段落,使其更加清晰易懂。
(3) 傳記腳注根據(jù)需要進(jìn)行了更新。
(4) 添加了2010年(第2版中最新參考文獻(xiàn)的年份)到2015年年底的重大進(jìn)展,并在相關(guān)地方進(jìn)行了引用。
從導(dǎo)論一詞可以推斷出,這本書(shū)的目的與以前的版本一樣,旨在教授計(jì)算化學(xué)的核心概念和方法的基礎(chǔ)知識(shí)。這雖然是一本教科書(shū),但并沒(méi)有試圖通過(guò)處理深?yuàn)W的先進(jìn)話題來(lái)取悅每一位評(píng)論者。一些基本概念包括勢(shì)能面、分子力學(xué)中所用分子力學(xué)圖像和薛定諤方程及其簡(jiǎn)練的矩陣解法,以給出能級(jí)和分子軌道。所有需要的矩陣代數(shù)在使用前都進(jìn)行了解釋。計(jì)算化學(xué)的基本技術(shù)是分子力學(xué)、從頭算、半經(jīng)驗(yàn)和密度泛函方法。分子動(dòng)力學(xué)和蒙特卡洛方法僅被提及,盡管它們很重要,但它們利用了本書(shū)介紹的一些基本概念和方法,如果按本書(shū)討論的主題水平進(jìn)行介紹,關(guān)于它們則需要一本書(shū)。我之所以寫(xiě)第1版(2003年),是因?yàn)樗坪鯖](méi)有一本非常適合一般化學(xué)讀者學(xué)習(xí)計(jì)算化學(xué)的入門(mén)課本,而第2版(2011年)是基于同樣的信念發(fā)行的。雖然有一些關(guān)于量子化學(xué)及其學(xué)科助理(輔助似乎有些貶低)計(jì)算化學(xué)的圣經(jīng),但本版的精神與前兩本相同。我希望本書(shū)對(duì)任何想充分了解這門(mén)學(xué)科、開(kāi)始閱讀文獻(xiàn),并開(kāi)始做計(jì)算化學(xué)的人都有用。如上所述,這一領(lǐng)域有許多優(yōu)秀的書(shū)籍,但顯然沒(méi)有一本書(shū)試圖使化學(xué)專業(yè)的廣大學(xué)生熟悉計(jì)算化學(xué),就像這些課程的標(biāo)準(zhǔn)教科書(shū)使有機(jī)化學(xué)或物理化學(xué)易于理解一樣。為此,數(shù)學(xué)一直受到束縛,沒(méi)有人試圖證明分子軌道是希爾伯特空間中的向量,或者有限維內(nèi)積空間必須具有正交歸一基,而非專業(yè)人士有理由擔(dān)心的唯一部分是哈特里福克和科恩沙姆方程(概述)的推導(dǎo)。如果要了解程序的特點(diǎn),就應(yīng)該閱讀這些章節(jié),但不妨礙任何人繼續(xù)閱讀本書(shū)的其余部分。
計(jì)算化學(xué)已成為一種工具,其使用精神與紅外或核磁共振光譜基本相同,在使用它時(shí),無(wú)須編寫(xiě)自己的程序,正如富有成效地使用紅外或核磁共振光譜時(shí)不需要建立自己的光譜儀一樣。我已嘗試給出足夠的理論,以提供關(guān)于程序中的標(biāo)準(zhǔn)流程如何工作的一個(gè)合理的、好的建議。在這方面,構(gòu)建?司仃嚭蛯(duì)角化?司仃嚨母拍詈茉缇捅灰肓,且計(jì)算上相對(duì)不重要的久期行列式(除了與簡(jiǎn)單休克爾方法有關(guān)的歷史原因外)很少被討論。文中給出了許多實(shí)際計(jì)算的結(jié)果,其中一些是專門(mén)為本書(shū)計(jì)算的。本書(shū)中幾乎所有的論斷都附有參考文獻(xiàn),這對(duì)需要追蹤方法或結(jié)果的研究人員,以及任何希望深入研究的人員都非常有用。詳盡地提及所討論的每個(gè)主題,即使不是不可能,顯然是不合適的。參考文獻(xiàn)的選擇一直以(除了證明特定論斷的合理性)綜述和一般方式說(shuō)明一個(gè)主題,而非以它的某些特定方面的出版物為導(dǎo)向。在這個(gè)互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代,一旦人們想了解某個(gè)主題,通常就不難獲得有關(guān)它的更多信息。本書(shū)適用于高年級(jí)本科生、研究生和計(jì)算化學(xué)的新手研究人員。這些學(xué)生在大學(xué)二年級(jí)或三年級(jí)時(shí)應(yīng)已具備分子形狀、共價(jià)鍵和離子鍵、光譜學(xué)的知識(shí),并對(duì)熱力學(xué)有一定的了解。一些讀者不妨回顧物理和有機(jī)化學(xué)的基本概念。
讀者應(yīng)該能夠從本書(shū)中獲得關(guān)于常見(jiàn)計(jì)算化學(xué)技術(shù)的基本理論和從這些技術(shù)中獲得的各種結(jié)果的一個(gè)合理認(rèn)識(shí)。讀者將學(xué)到如何計(jì)算分子的幾何構(gòu)型,其紅外和紫外光譜及其熱力學(xué)和動(dòng)力學(xué)穩(wěn)定性,以及對(duì)其化學(xué)性質(zhì)進(jìn)行合理猜測(cè)所需的其他信息。
應(yīng)用計(jì)算化學(xué)比以往任何時(shí)候更容易,因?yàn)橛布呀?jīng)變得比幾年前便宜了,曾經(jīng)只適用于昂貴的工作站的強(qiáng)大程序已經(jīng)被改編成可以在廉價(jià)的個(gè)人計(jì)算機(jī)上運(yùn)行。實(shí)際使用一個(gè)程序最好通過(guò)學(xué)習(xí)它的手冊(cè)和為特定程序編寫(xiě)的書(shū)籍,本書(shū)沒(méi)有給出設(shè)置各種計(jì)算的說(shuō)明。第9章提供了有關(guān)各種程序的信息。閱讀本書(shū),獲得一些程序,然后開(kāi)始做計(jì)算化學(xué)。您可能會(huì)犯錯(cuò),但它們不太可能給您帶來(lái)與實(shí)驗(yàn)室中犯錯(cuò)相同的危險(xiǎn)。
對(duì)于第1版和第2版來(lái)說(shuō),榮幸地感謝以下人員的幫助:
多倫多大學(xué)的伊姆里·奇茲毛迪奧教授極為慷慨地貢獻(xiàn)出了他的時(shí)間和經(jīng)驗(yàn);
那些知識(shí)淵博的人訂閱了CCL(計(jì)算化學(xué)列表),
對(duì)任何對(duì)這個(gè)主題感興趣的人來(lái)說(shuō),這都是一個(gè)非常有用的論壇;
我在克魯維爾的第1版編輯,,·羅伯茨博士,她總是最樂(lè)于助人和最能給人希望;
我的非常樂(lè)于助人的、施普林格第2版的編輯克勞迪婭·庫(kù)利埃特女士和索尼婭·奧霍博士;
關(guān)于第3版的指導(dǎo),施普林格的卡琳·德·比女士;
康奈爾大學(xué)的羅阿爾德·霍夫曼教授,他對(duì)有時(shí)有些晦澀難懂的問(wèn)題有深刻的見(jiàn)解和知識(shí);
COSMOlogic公司的安德烈亞斯·克拉姆特博士分享了他在溶劑化計(jì)算方面的專業(yè)知識(shí);
巴爾的摩縣馬里蘭大學(xué)的喬爾·利布曼教授的激勵(lì)性討論;
特倫特大學(xué)的馬修·湯普森教授的激勵(lì)性討論。
對(duì)于第3版而言,榮幸地感謝以下人員的幫助:
施普林格資深化學(xué)出版編輯,索尼婭·奧霍博士; 施普林格書(shū)籍類制作編輯,卡琳·德·比女士;
特倫特大學(xué)化學(xué)系的羅伯特·斯泰爾斯教授在卓有成效的討論中的見(jiàn)解;
最后,由于這個(gè)版本不是完全從頭開(kāi)始的,因此,我感謝以上在第1版和第2版中給予我?guī)椭乃腥恕?/p>
毫無(wú)疑問(wèn),有些名字被不公正、無(wú)意地遺漏了,對(duì)此我深表歉意。
埃洛爾·G.里沃斯
加拿大 安大略省 彼得伯勒
2016年1月
第1章計(jì)算化學(xué)概述
1.1您可以用計(jì)算化學(xué)做什么
1.2計(jì)算化學(xué)的工具
1.3把所有這些放在一起
1.4計(jì)算化學(xué)的哲學(xué)
1.5總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第2章勢(shì)能面的概念
2.1觀點(diǎn)
2.2駐點(diǎn)
2.3奧本海默近似
2.4幾何構(gòu)型優(yōu)化
2.5駐點(diǎn)和簡(jiǎn)正模式振動(dòng)、零點(diǎn)能
2.6對(duì)稱性
2.7總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第3章分子力學(xué)
3.1觀點(diǎn)
3.2分子力學(xué)基本原則
3.2.1發(fā)展力場(chǎng)
3.2.2參數(shù)化力場(chǎng)
3.2.3使用我們的力場(chǎng)的計(jì)算
3.3使用分子力學(xué)的例子
3.3.1為更長(zhǎng)(從頭算、半經(jīng)驗(yàn)的或密度泛函)類型的計(jì)算獲得合理的輸入幾何構(gòu)型
3.3.2獲得(通常是極好的)幾何構(gòu)型
3.3.3獲得(有時(shí)是極好的)相對(duì)能量
3.3.4生成分子運(yùn)動(dòng)的勢(shì)能函數(shù), 用于分子動(dòng)力學(xué)或蒙特卡洛計(jì)算
3.3.5作為有機(jī)合成反應(yīng)可行性或可能結(jié)果的(通常是快速的)指南
3.4分子力學(xué)計(jì)算的頻率和振動(dòng)光譜
3.5分子力學(xué)的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
3.5.1優(yōu)點(diǎn)
3.5.2缺點(diǎn)
3.6總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第4章計(jì)算化學(xué)中的量子力學(xué)導(dǎo)論
4.1觀點(diǎn)
4.2量子力學(xué)的發(fā)展和薛定諤方程
4.2.1量子理論的起源: 黑體輻射和光電效應(yīng)
4.2.2放射性
4.2.3相對(duì)論
4.2.4核式原子
4.2.5玻爾原子
4.2.6波動(dòng)力學(xué)原子和薛定諤方程
4.3休克爾將薛定諤方程應(yīng)用到化學(xué)中
4.3.1介紹
4.3.2雜化
4.3.3矩陣和行列式
4.3.4簡(jiǎn)單休克爾方法的理論
4.3.5簡(jiǎn)單休克爾方法的應(yīng)用
4.3.6簡(jiǎn)單休克爾方法的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
4.3.7計(jì)算休克爾系數(shù)c和能級(jí)的行列式方法
4.4擴(kuò)展休克爾方法
4.4.1理論
4.4.2擴(kuò)展休克爾方法的一個(gè)例證: 質(zhì)子化的氦分子
4.4.3擴(kuò)展休克爾方法的應(yīng)用
4.4.4擴(kuò)展休克爾方法的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
4.5總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第5章從頭算
5.1觀點(diǎn)
5.2從頭算方法的基本原理
5.2.1預(yù)備工作
5.2.2哈特里自洽場(chǎng)方法
5.2.3哈特里-?朔匠
5.3基組
5.3.1介紹
5.3.2高斯函數(shù)、基組預(yù)備、直接自洽場(chǎng)
5.3.3基組的類型及其應(yīng)用
5.4后哈特里-?擞(jì)算: 電子相關(guān)
5.4.1電子相關(guān)
5.4.2電子相關(guān)的默勒-普萊塞特方法
5.4.3電子相關(guān)的組態(tài)相互作用方法耦合簇方法
5.5從頭算方法的應(yīng)用
5.5.1幾何構(gòu)型
5.5.2能量
5.5.3頻率和振動(dòng)光譜
5.5.4由電子分布產(chǎn)生的性質(zhì): 偶極矩、電荷、鍵級(jí)、靜電勢(shì)、分子中原子
5.5.5其他特性: 紫外和核磁共振光譜、電離能和電子親和勢(shì)
5.5.6可視化
5.6從頭算計(jì)算的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
5.6.1優(yōu)點(diǎn)
5.6.2缺點(diǎn)
5.7總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第6章半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算
6.1觀點(diǎn)
6.2自洽場(chǎng)半經(jīng)驗(yàn)方法的基本原理
6.2.1預(yù)備工作
6.2.2PPP方法
6.2.3CNDO方法
6.2.4INDO方法
6.2.5NDDO方法
6.3半經(jīng)驗(yàn)方法的應(yīng)用
6.3.1幾何構(gòu)型
6.3.2能量
6.3.3頻率和振動(dòng)光譜
6.3.4由電子分布產(chǎn)生的性質(zhì): 偶極矩、電荷、鍵級(jí)
6.3.5其他性質(zhì)紫外光譜、電離能和電子親和勢(shì)
6.3.6可視化
6.3.7一些一般性說(shuō)明
6.4半經(jīng)驗(yàn)方法的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
6.4.1優(yōu)點(diǎn)
6.4.2缺點(diǎn)
6.5總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第7章密度泛函理論
7.1觀點(diǎn)
7.2密度泛函理論的基本原理
7.2.1準(zhǔn)備工作
7.2.2當(dāng)前密度泛函理論方法的先驅(qū)
7.2.3目前的密度泛函理論方法: 科恩-沙姆方法
7.3密度泛函的應(yīng)用
7.3.1幾何構(gòu)型
7.3.2能量
7.3.3頻率和振動(dòng)光譜
7.3.4由電子分布引起的性質(zhì)偶極矩、電荷、鍵級(jí)、分子中原子
7.3.5其他性質(zhì)紫外和核磁共振光譜、電離能和電子親和勢(shì)、電負(fù)性、硬度、軟度和福井函數(shù)
7.3.6可視化
7.4密度泛函理論的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)
7.4.1優(yōu)點(diǎn)
7.4.2缺點(diǎn)
7.5總結(jié)
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第8章一些特殊主題: 溶劑化、單重態(tài)雙自由基、關(guān)于重原子和過(guò)渡金屬的注釋
8.1溶劑化
8.1.1觀點(diǎn)
8.1.2處理溶劑化的方法
8.2單重態(tài)雙自由基
8.2.1觀點(diǎn)
8.2.2單重態(tài)雙自由基和模型化學(xué)的問(wèn)題
8.2.3單重態(tài)雙自由基: 超出模型化學(xué)范圍
8.3關(guān)于重原子和過(guò)渡金屬的注釋
8.3.1觀點(diǎn)
8.3.2重原子和相對(duì)論校正
8.3.3一些重原子的計(jì)算
8.3.4過(guò)渡金屬
8.4總結(jié)
溶劑化
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
單重態(tài)雙自由基
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
重原子和過(guò)渡金屬
較容易的問(wèn)題
較難的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
第9章精選文獻(xiàn)精華、書(shū)籍、網(wǎng)站、軟件和硬件
9.1來(lái)自文獻(xiàn)
9.1.1分子
9.1.2機(jī)理
9.1.3概念
9.2文獻(xiàn)
9.2.1書(shū)
9.2.2一般的計(jì)算化學(xué)網(wǎng)站
9.3軟件和硬件
9.3.1軟件
9.3.2硬件
9.3.3后記
參考文獻(xiàn)
人名翻譯對(duì)照表