人造生命體齊格被黑之暗匿者的御主六導(dǎo)玲霞暗算，本來已經(jīng)瀕臨死亡，卻又復(fù)活了，連他自己都不知道原因。

與此同時(shí)，追蹤黑之暗匿者的裁定者貞德遭到了出乎意料的反擊。在這場戰(zhàn)斗證明的事實(shí)面前，齊格開始對人類本身產(chǎn)生了疑惑。

最后的戰(zhàn)爭即將到來，活下來的從者和御主們面臨著各種抉擇。決戰(zhàn)的戰(zhàn)場，就是容納了大圣杯的巨大寶具虛榮的空中庭園。

這場外典圣杯戰(zhàn)爭，是以第三次圣杯戰(zhàn)爭為分歧點(diǎn)，與Fate/stay night和Fate/Zero完全不同的世界。圍繞著拯救世界的目標(biāo)，同為裁定者的貞德與天草四郎時(shí)貞，向絕對不允許失敗的戰(zhàn)斗發(fā)起挑戰(zhàn)！