《何陋居集》，收錄了順治十六年（1659年）至順治十八年（1661年）之間的詩(shī)，共計(jì)934首，均為方拱乾流放黑龍江寧古塔其間所作。詩(shī)集命名“何陋”，據(jù)作者言，“蓋取陽(yáng)明子居龍場(chǎng)之義而顏其所居屋也”；其本義源于孔子“君子居之，何陋之有”一語(yǔ)。方氏此集，是黑龍江現(xiàn)存的部詩(shī)集，詩(shī)中內(nèi)容涉獵甚廣，有史實(shí)，有人事，有風(fēng)俗，有物產(chǎn)，既可補(bǔ)史之闕，亦可與其他史籍互相印證。
　　《甦庵集》，收錄了順治十八年（1661年）十月十八日之后的詩(shī)，均為方拱乾赦歸及歸后所作，共計(jì)481首。詩(shī)集命名“甦庵”，蓋借廷有更生之意，以此喻其被赦。該集記錄了方氏赦歸后的詩(shī)歌創(chuàng)作情況、生活和交游情況，為研究方氏晚年的生活和創(chuàng)作提供了極有價(jià)值的史料。