自《動物育種中的統(tǒng)計(jì)計(jì)算:Julia 語言應(yīng)用》版于 2016 年出版以來，得到業(yè)界同行的一致肯定。五年來動物育種領(lǐng)域又有了許多新的進(jìn)展，Julia 語言也已經(jīng)由 0.4 版發(fā)展到現(xiàn)在的 1.6 版。國內(nèi)也有了 Julia 語言的專門討論社區(qū)，Julia 語言的語法發(fā)生了許多變化，已有的許多代碼不能夠順利運(yùn)行。本書是第二版，將原有代碼用 Julia 1.6 進(jìn)行了改寫，并補(bǔ)充許多新的內(nèi)容和代碼，主要有 Julia 語言新的語法、基因組分析代碼實(shí)例、稀有變異模擬及分析代碼、非加性效應(yīng)模擬及分析代碼、Julia 語言和 R 語言混合編程等內(nèi)容。應(yīng)許多讀者要求，提供全書大部分章節(jié)的源代碼。但是，由于撰寫時間有限，沒有涉及機(jī)器學(xué)習(xí)(深度學(xué)習(xí))及并行計(jì)算方面的內(nèi)容，在這兩個領(lǐng)域快速發(fā)展的時代，確實(shí)是一種遺憾，有待在下一版本或其他論著中進(jìn)一步完善。
章 Julia 語言使用說明
第二章
系譜數(shù)據(jù)處理方法 .
節(jié)、近交系數(shù)與親緣系數(shù) .
第二節(jié)
分子血緣相關(guān)矩陣及其逆矩陣計(jì)算....
第三節(jié)、計(jì)算實(shí)例
第三章動物遺傳育種中的數(shù)據(jù)模擬 .........
節(jié)隨機(jī)數(shù)和隨機(jī)變量的產(chǎn)生
第二節(jié)
誤差計(jì)算...
第三節(jié)
使用 Julia 語言模擬數(shù)據(jù)..
第四節(jié)
計(jì)算實(shí)例 ...
第五節(jié)
基因組模擬軟件 XSim，
第四章，線性模型的建立和求解，
節(jié)，單因子模型 .....
第二節(jié)二因子模型 .........
第三節(jié)建立 Henderson 混合模型方程組 .
.第四節(jié)稀疏矩陣使用 ....
第五章
線性模型的擴(kuò)展
節(jié)有重復(fù)記錄的動物模型.....
第二節(jié)母體效應(yīng)模型，
第六章多性狀模型優(yōu)勢
節(jié)
多性狀模型 ...
第二節(jié)Julia 語言實(shí)現(xiàn) MT 模型
第三節(jié)
帶有缺失數(shù)據(jù)的多性狀模型
第七章
分子標(biāo)記和多基因效應(yīng)單性狀模型
節(jié)
標(biāo)記輔助選擇..
第二節(jié)混合模型方程組的儲存技術(shù)
第三節(jié)Julia 語言示例 .....
第八章MCMC 算法
節(jié)貝葉斯統(tǒng)計(jì)....
第二節(jié)Julia 語言的實(shí)現(xiàn)....
第三節(jié)貝葉斯統(tǒng)計(jì)在多元線性模型中的應(yīng)用
第四節(jié)貝葉斯統(tǒng)計(jì)示例.....
第五節(jié)
多性狀模型的 Gibbs 抽樣，
第六節(jié)
思考題解答 ......
第九章全基因組連鎖及關(guān)聯(lián)分析
節(jié)考慮稀有變異非加性效應(yīng)的基因組分析
第二節(jié)
多元混合線性模型...
第三節(jié)
貝葉斯 GWAS
第四節(jié)
單步全基因組分析方法
第五節(jié) GBLUP 的準(zhǔn)確性
第六節(jié) Julia 語言示例.
第十章附
錄 ..
1節(jié)線性模型簡介 .
第二節(jié)基于系譜的混合線性模型
第三節(jié)預(yù)測 SNP 效應(yīng)的固定效應(yīng)模型.
第四節(jié)
結(jié)合有基因型和無基因型家畜數(shù)據(jù)
第五節(jié)
貝葉斯 GWAS ..
第六節(jié)
統(tǒng)計(jì)基因組學(xué)基礎(chǔ)
第七節(jié)J Julia 和 R 語言混合編程解決稀有變異關(guān)聯(lián)研究問題
參考文獻(xiàn)
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