生物信息學是運用生物學、數(shù)學、計算機科學等多學科技術與手段進行生物信息的獲取、存儲、分析、利用的一門交叉學科，是目前生物學研究的熱門領域之一。本書主要介紹生物信息學的相關實驗，并給出對應的習題。全書分為四篇：第一篇講解生物信息學實驗，共設計了23個實驗；第二篇為習題集；第三篇為習題集參考答案；第四篇提供相關的名詞解釋。本書附錄部分介紹了常見的模式生物和熱帶植物的主要特點，可供學習生物信息學的讀者鞏固所學的生物信息學知識，并拓展其視野。本書的內容主要對應《實用生物信息學》一書，同時兼顧其他優(yōu)秀的生物信息學教材。
馮世鵬，男，博士，2009年畢業(yè)于中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院，海南大學熱帶作物學院副教授，被海南省人才服務中心認定為拔尖人才，連續(xù)多年為研究生、本科生主講《生物信息學》課程，同時作為主講教師參與了本科生《分子生物學》、《生物化學》等課程的教學工作，教學經驗豐富。已出版專著一部，發(fā)表論文十余篇，申請專利四項。
目 錄
第一篇 生物信息學實驗 1
第0章 生物信息學實驗室規(guī)則與安全 2
第1章 文獻檢索 3
實驗1 中文文獻檢索(以中國知網數(shù)據庫為例) 4
實驗2 外文文獻檢索(以ScienceDirect數(shù)據庫為例) 8
第2章 生物信息數(shù)據庫資源 12
實驗3 核酸數(shù)據庫檢索(以GenBank數(shù)據庫為例) 13
實驗4 蛋白質數(shù)據庫檢索(以UniProt數(shù)據庫為例) 22
實驗5 蛋白質結構數(shù)據庫檢索(以PDB數(shù)據庫為例) 30
實驗6 基因組數(shù)據庫檢索(以TAIR數(shù)據庫為例) 33
實驗7 代謝數(shù)據庫檢索(以KEGG數(shù)據庫為例) 38
實驗8 非編碼RNA數(shù)據庫檢索(以miRBase數(shù)據庫為例) 44
實驗9 基因表達數(shù)據庫檢索(以GEO數(shù)據庫為例) 47
第3章 序列比對 50
實驗10 在線序列比對實驗(以BLAST、BLAT軟件為例) 50
實驗11 本地序列比對實驗(以BioEdit軟件為例) 54
實驗12 多序列比對實驗(以Clustal軟件為例) 57
第4章 核酸序列分析 61
實驗13 核酸序列常規(guī)分析(以DNAStar軟件為例) 61
實驗14 基因序列元件預測 63
實驗15 引物設計分析(以Primer 5.0軟件為例) 67
實驗16 第一代測序數(shù)據分析 71
第5章 蛋白質序列分析 75
實驗17 蛋白質理化性質分析 75
實驗18 蛋白質空間結構分析 79
實驗19 蛋白質的修飾分析 82
實驗20 蛋白質定位預測 85
第6章 基因表達分析 89
實驗21 qPCR數(shù)據分析 89
第7章 進化分析 93
實驗22 進化樹構建(以MEGA軟件為例) 93
第8章 非編碼miRNA分析 97
實驗23 非編碼miRNA查詢及預測分析 97
第二篇 生物信息學習題集 101
第1章 文獻檢索 102
1.1 知識點介紹 102
1.2 典型例題講解 103
1.3 習題 105
第2章 生物信息數(shù)據庫資源 107
2.1 知識點介紹 107
2.2 典型例題講解 111
2.3 習題 113
第3章 序列比對 119
3.1 知識點介紹 119
3.2 典型例題講解 121
3.3 習題 122
第4章 核酸序列分析 125
4.1 知識點介紹 125
4.2 典型例題講解 130
4.3 習題 131
第5章 蛋白質序列分析 133
5.1 知識點介紹 133
5.2 典型例題講解 138
5.3 習題 139
第6章 基因表達分析 141
6.1 知識點介紹 141
6.2 典型例題講解 144
6.3 習題 145
第7章 進化分析 147
7.1 知識點介紹 147
7.2 典型例題講解 150
7.3 習題 151
第8章 非編碼miRNA分析 153
8.1 知識點介紹 153
8.2 典型例題講解 156
8.3 習題 157
第三篇 參考答案 159
第1章 文獻檢索 160
第2章 生物信息數(shù)據庫資源 163
第3章 序列比對 173
第4章 核酸序列分析 175
第5章 蛋白質序列分析 177
第6章 基因表達分析 183
第7章 進化分析 185
第8章 非編碼miRNA分析 186
第四篇 名詞解釋 187
附錄I 常見模式生物基因組信息介紹 207
附錄II 常見熱帶植物基因組信息介紹 240
參考資料 256
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