子曰工欲善其事,必先利其器。在我國(guó)由制造大國(guó)向創(chuàng)造大國(guó)轉(zhuǎn)型的重要時(shí)期,如何將中國(guó)的科學(xué)研究打造成支撐國(guó)家建設(shè)的強(qiáng)勁引擎,可謂科學(xué)界頭等大事之一。為善成此事而打造一批具備超強(qiáng)探索力的科研設(shè)施,并形成刺向前沿、揭示未知的國(guó)之利器,不僅體現(xiàn)了國(guó)家的戰(zhàn)略需求,也是中華民族為全人類文明所作出的貢獻(xiàn)。在這一時(shí)代背景下,國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(上海)設(shè)施應(yīng)運(yùn)而生,標(biāo)志著我國(guó)在生命科學(xué)領(lǐng)域從跟隨者向先行者的角色轉(zhuǎn)換。
蛋白質(zhì)作為最重要的生物分子,是生物功能的主要執(zhí)行者,也是生命活動(dòng)的承載體。認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)不僅是人類了解自身的必經(jīng)之路,而且是對(duì)抗疾病、改善健康的關(guān)鍵一環(huán)。我國(guó)曾舉全國(guó)之力,為蛋白質(zhì)科學(xué)作出過(guò)重要貢獻(xiàn),然而囿于國(guó)力所限以及人才匱乏的事實(shí),數(shù)十年來(lái)只能在西方科學(xué)家的背影后面亦步亦趨,反復(fù)用紀(jì)念曾經(jīng)的成就來(lái)掩蓋長(zhǎng)期停滯不前的尷尬。經(jīng)過(guò)長(zhǎng)時(shí)間的國(guó)力發(fā)展與技術(shù)積累,中國(guó)的蛋白質(zhì)人終于迎來(lái)了屬于自己的發(fā)展契機(jī)!一方面,我國(guó)的制造能力足以支撐以蛋白質(zhì)科研為核心的設(shè)備建造,同時(shí)多年的引才計(jì)劃形成了合理的人才儲(chǔ)備,使得蛋白質(zhì)科研設(shè)施的建設(shè)具備了現(xiàn)實(shí)性;另一方面,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)在21世紀(jì)突飛猛進(jìn),需要強(qiáng)大的蛋白質(zhì)科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施提供理論支撐和實(shí)現(xiàn)技術(shù)。這意味著,蛋白質(zhì)科研設(shè)施將不是一個(gè)精致而昂貴的科學(xué)家玩具,而會(huì)成為關(guān)乎人民健康水平提高和生活質(zhì)量改善的創(chuàng)新工廠。由此,人們足可理解蛋白質(zhì)科研設(shè)施建設(shè)的必要性。
蛋白質(zhì)分子是在空間折疊上高度復(fù)雜、時(shí)間過(guò)程上高度動(dòng)態(tài),同時(shí)還處于高度交互的信息與物質(zhì)網(wǎng)絡(luò)之中的生物大分子。理解蛋白質(zhì)的功能運(yùn)轉(zhuǎn)和調(diào)節(jié)方式,意味著需要擁有物理、化學(xué)、生物數(shù)據(jù)采集與分析之強(qiáng)大能力的復(fù)雜儀器系統(tǒng)。這些系統(tǒng)的任何子模塊的設(shè)計(jì)與制造,都是相當(dāng)困難的工程,更遑論為發(fā)揮這些系統(tǒng)的最大能力,需要將所有的模塊集成化,來(lái)形成聯(lián)動(dòng)大裝置。這就使整個(gè)設(shè)施的建設(shè)難度成數(shù)量級(jí)地增長(zhǎng)。為了克服這樣的困難,我們將全國(guó)乃至全球范圍內(nèi)處于各個(gè)子系統(tǒng)的專家和技術(shù)人員集中整合成為精干的設(shè)計(jì)與建設(shè)隊(duì)伍,使過(guò)去各自為戰(zhàn)的小分隊(duì),在建設(shè)中逐步形成為蛋白質(zhì)科學(xué)技術(shù)的聯(lián)合艦隊(duì),克服了諸多技術(shù)困難,終于形成了本設(shè)施的九大技術(shù)系統(tǒng),即規(guī)模化蛋白質(zhì)制備系統(tǒng)(第2章)、蛋白質(zhì)核磁共振分析系統(tǒng)(第5章)、集成化電鏡分析系統(tǒng)(第6章)、質(zhì)譜分析系統(tǒng)(第7章)、復(fù)合激光顯微鏡系統(tǒng)(第8章)、分子影像系統(tǒng)(第9章)、數(shù)據(jù)庫(kù)與計(jì)算分析系統(tǒng)(第19章相關(guān)內(nèi)容)及位于上海光源內(nèi)的五線六站蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)(第3章)和蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)分析系統(tǒng)(第4章)。經(jīng)過(guò)不斷改善與磨合,具備了五大蛋白質(zhì)科研能力規(guī);鞍踪|(zhì)制備能力、多尺度結(jié)構(gòu)分析能力、多層次動(dòng)態(tài)研究能力、修飾與相互作用分析能力、數(shù)據(jù)庫(kù)與計(jì)算分析能力,能夠全面支撐我國(guó)蛋白質(zhì)科學(xué)研究所面臨的大部分技術(shù)與儀器需求。
除了技術(shù)上需要克服的種種困難,在大科學(xué)設(shè)施的建設(shè)過(guò)程中,大量的非技術(shù)性困難也是現(xiàn)實(shí)的問(wèn)題。設(shè)施建設(shè)是為了支持創(chuàng)新,但其本身就是一項(xiàng)前無(wú)古人的創(chuàng)新性工作。如何調(diào)動(dòng)技術(shù)人員積極性,如何形成適應(yīng)大聯(lián)合系統(tǒng)所需的新型管理制度,如何應(yīng)對(duì)舊科研體制的滯后性所帶來(lái)的阻力與干擾,都是建設(shè)人員需要?dú)椌邞]、不斷創(chuàng)新,有時(shí)甚至作出妥協(xié),才能一一加以處置的問(wèn)題。
本專著的第1章總括介紹了建設(shè)這樣國(guó)際先進(jìn)的蛋白質(zhì)研究大科學(xué)設(shè)施的重大意義、主要目標(biāo)和決策及實(shí)施過(guò)程,從第2章到第9章具體介紹各個(gè)技術(shù)系統(tǒng)的原理、配置、性能、安裝調(diào)試和開(kāi)放服務(wù)情況,第10章介紹設(shè)施開(kāi)放服務(wù)的管理制度建設(shè),還有用戶通過(guò)使用設(shè)施所取得的若干尤其突出的成果。編寫(xiě)的具體分工如下:
第1章,汪利俊、曹禹、高馨;第2章,牟波、鄧瑋、張珺;第3章,姚德強(qiáng)、張蔚哲;第4章,李娜、唐雨釗、周曉潔;第5章,劉志軍;第6章,孔亮亮、袁青寧、張盈怡、李俊睿;第7章,彭超、吳萍、蘇晨;第8章,于洋、何淑芳、王艷;第9章,王鑫艷;第10章,許先慧。
國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(上海)設(shè)施的建設(shè)已經(jīng)一曲終了,但是它的運(yùn)行正是發(fā)軔之初,前途尚遠(yuǎn)。在這樣一個(gè)時(shí)刻,我們?nèi)w蛋白質(zhì)設(shè)施的設(shè)計(jì)者、建設(shè)者和運(yùn)行者再次坐在一起,將過(guò)去9年時(shí)間里所做的種種努力加以總結(jié)回顧,將我們的欣然所得與無(wú)奈之舍,均原原本本地呈現(xiàn)于讀者面前,希望能讓熱愛(ài)蛋白質(zhì)研究的科學(xué)家們了解本設(shè)施的特點(diǎn),更好地利用這一利器以善佳事;希望能為準(zhǔn)備或者正在進(jìn)行科學(xué)設(shè)施建設(shè)的同行們提供參考,使他們的建設(shè)過(guò)程更加順利,成果更加輝煌;也希望普通的讀者看到我們這本書(shū),能夠?qū)ξ覈?guó)的科學(xué)設(shè)施建設(shè)工作有所了解,感受我國(guó)蛋白質(zhì)科研事業(yè)的謨烈與艱辛。當(dāng)然,我們更希望自己親手建設(shè)的蛋白質(zhì)設(shè)施,能夠跨越險(xiǎn)灘、直濟(jì)滄海。愿她在征途上從此一帆風(fēng)順,與其他的科研院所攜手,助力中華民族之偉大復(fù)興!
雷鳴張榮光
2018年5月1日
第1章總論1
1.1國(guó)內(nèi)外發(fā)展趨勢(shì)與現(xiàn)狀2
1.2建設(shè)的必要性5
1.3上海設(shè)施建設(shè)的目標(biāo)8
1.4建設(shè)歷程9
1.5科學(xué)意義和社會(huì)效益15
1.6推進(jìn)分類改革,率先行動(dòng)爭(zhēng)創(chuàng)一流17
參考文獻(xiàn)18
第2章規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)19
2.1規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)概述19
2.2系統(tǒng)建設(shè)目標(biāo)、技術(shù)方案和驗(yàn)收指標(biāo)20
2.3規(guī)模化克隆和蛋白質(zhì)可溶性篩選模塊22
2.4多種體系蛋白質(zhì)表達(dá)模塊32
2.5大規(guī)模蛋白質(zhì)純化模塊49
2.6蛋白質(zhì)性質(zhì)表征模塊52
2.7自動(dòng)化結(jié)晶和觀察模塊53
參考文獻(xiàn)56
第3章蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)57
3.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)目標(biāo)57
3.2系統(tǒng)構(gòu)成與系統(tǒng)設(shè)計(jì)59
3.3蛋白質(zhì)微晶體結(jié)構(gòu)線站(BL18U1)60
3.4蛋白質(zhì)復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)線站(BL19U1)83
3.5高通量晶體結(jié)構(gòu)線站(BL17B1)93
3.6線站總體102
3.7束線調(diào)試及驗(yàn)收測(cè)試110
3.8運(yùn)行開(kāi)放以及用戶成果138
參考文獻(xiàn)138
第4章蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)分析系統(tǒng)140
4.1同步輻射生物X射線小角散射線站140
4.2同步輻射紅外譜學(xué)線站175
參考文獻(xiàn)212第5章核磁分析系統(tǒng)215
5.1核磁系統(tǒng)概述215
5.2核磁系統(tǒng)的初步設(shè)計(jì)方案216
5.3核磁設(shè)備的安裝、調(diào)試、驗(yàn)收233
5.4核磁系統(tǒng)的開(kāi)放運(yùn)行成果250
參考文獻(xiàn)253
第6章電鏡分析系統(tǒng)255
6.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)目標(biāo)255
6.2電子顯微鏡257
6.3透射電鏡樣品的基本制備技術(shù)269
6.4電鏡數(shù)據(jù)的收集及處理287
6.5電鏡系統(tǒng)的工藝測(cè)試與驗(yàn)收295
6.6電鏡系統(tǒng)用戶成果介紹300
參考文獻(xiàn)303
第7章質(zhì)譜分析系統(tǒng)305
7.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)方案305
7.2蛋白質(zhì)樣本制備模塊310
7.3蛋白質(zhì)高分辨鑒定模塊320
7.4蛋白質(zhì)修飾的規(guī);蛛x和定位模塊325
7.5功能蛋白質(zhì)及其相互作用的定量分析模塊327
7.6安裝調(diào)試329
7.7測(cè)試驗(yàn)收339
7.8用戶開(kāi)放成果354
參考文獻(xiàn)371
第8章復(fù)合激光顯微鏡系統(tǒng)374
8.1科學(xué)目標(biāo)375
8.2工程工藝設(shè)計(jì)377
8.3設(shè)備的到貨、安裝與調(diào)試379
8.4測(cè)試與驗(yàn)收395
8.5運(yùn)行開(kāi)放與用戶成果427
參考文獻(xiàn)440
第9章分子影像系統(tǒng)442
9.1系統(tǒng)概述442
9.2系統(tǒng)設(shè)計(jì)方案443
9.3系統(tǒng)安裝、調(diào)試及研究計(jì)劃451
9.4系統(tǒng)測(cè)試與驗(yàn)收453
9.5系統(tǒng)開(kāi)放運(yùn)行成果469
參考文獻(xiàn)473
第10章用戶開(kāi)放服務(wù)475
10.1用戶服務(wù)管理流程475
10.2用戶會(huì)議及培訓(xùn)476
10.3用戶成果管理478
參考文獻(xiàn)488
索引489