福建與臺(tái)灣隔海相望，自古以來(lái)就有著千絲萬(wàn)縷的密切關(guān)系。兩地地緣相近，血緣相親，隸屬與共，在長(zhǎng)期的歷史發(fā)展過(guò)程中，逐漸形成了一個(gè)共同的文化區(qū)域，即閩臺(tái)區(qū)域。閩臺(tái)區(qū)域既保持著中華文化的共性，也彰顯著地域文化的特性。
　　遠(yuǎn)古時(shí)代，閩臺(tái)兩地屬環(huán)太平洋構(gòu)造帶，兩地往來(lái)依賴東山陸橋得以實(shí)現(xiàn)。后來(lái)，冰期結(jié)束，氣溫回暖，海平面上升，形成了臺(tái)灣海峽。但閩臺(tái)先民仍保持著人員、物資的交流與互動(dòng)，大量的考古資料很好地證明了這一點(diǎn)。閩臺(tái)之間在區(qū)域上的天然聯(lián)系，是閩臺(tái)關(guān)系形成的地理基礎(chǔ)。
　　進(jìn)入文明時(shí)期，福建與臺(tái)灣的關(guān)系不斷發(fā)展。三國(guó)時(shí)期的“夷洲”，《隋書(shū)》記載的“流求”，都與福建密切相關(guān)。宋代將澎湖劃歸福建晉江縣管轄，并派遣軍隊(duì)戍守。到了元代，朝廷在澎湖設(shè)置巡檢司，加強(qiáng)行政管轄。明末，鄭成功收復(fù)臺(tái)灣、設(shè)立政權(quán)，開(kāi)發(fā)臺(tái)灣。清初，康熙統(tǒng)一臺(tái)灣，并將臺(tái)灣納入中央政府的行政管理體系中。
　　康熙統(tǒng)一臺(tái)灣之后，朝廷關(guān)于臺(tái)灣的棄與留有過(guò)一場(chǎng)激烈的爭(zhēng)論。統(tǒng)一臺(tái)灣的功臣施瑯力主留臺(tái)，他在上給朝廷的折子《恭陳臺(tái)灣棄留疏》中提出：“備見(jiàn)野沃土膏，物產(chǎn)利薄，耕桑并耦，魚(yú)鹽滋生，滿山皆屬茂樹(shù)，遍處俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需.無(wú)所不有……此誠(chéng)天以未辟之方輿，資皇上東南之保障，永絕邊海之禍患……臺(tái)灣一地，雖屬外島，實(shí)關(guān)四省之要害。勿謂彼中耕種，猶能少資兵食，固當(dāng)議留；即為不毛荒壤，必藉內(nèi)地挽運(yùn)，亦斷斷乎其不可棄�！弊罱K，清廷接納和吸收了施瑯的意見(jiàn)，將臺(tái)灣納入中央政府的行政管理體系中。由此，閩臺(tái)兩地交往更加密切與頻繁，并逐步形成了“閩臺(tái)區(qū)域一體化”的發(fā)展格局。
　　雖隔海相望，但閩臺(tái)之間長(zhǎng)期以來(lái)的交往與融合，推動(dòng)了臺(tái)灣社會(huì)穩(wěn)定，人口增長(zhǎng)，經(jīng)濟(jì)發(fā)展，臺(tái)灣逐漸成為富甲東南的寶島。大量的明清官廷所藏閩臺(tái)關(guān)系檔案，也深刻地印證了這一歷史過(guò)程。從現(xiàn)存的檔案來(lái)看，閩臺(tái)兩地的密切聯(lián)系主要體現(xiàn)在以下五個(gè)方面：
　　其一，臺(tái)隸閩省及臺(tái)灣行政建制的逐步完善。隨著臺(tái)灣人口的增加和土地不斷被開(kāi)發(fā)，清政府逐漸擴(kuò)大和完善在臺(tái)灣的行政機(jī)構(gòu)。最初設(shè)立臺(tái)灣府，下轄臺(tái)灣、鳳山、諸羅（乾隆年間改名嘉義縣）三縣，形成“一府三縣”格局；后于雍正元年（1723年）在諸羅縣增設(shè)彰化縣與淡水廳，又于雍正五年（1727年）新設(shè)澎湖廳，形成“一府二廳四縣”格局。嘉慶十七年（1812年），增設(shè)噶瑪蘭廳。光緒元年（1875年）再次進(jìn)行重大調(diào)整，增設(shè)恒春縣、卑南廳和埔里社廳，屬臺(tái)灣府，又于北部增設(shè)臺(tái)北一府，管轄淡水、新竹、宜蘭三縣，雞籠一廳。至此，臺(tái)灣共有二府、八縣、四廳。光緒十一年（1885年），臺(tái)灣改設(shè)行省，但與福建仍保持著密切的關(guān)系。臺(tái)灣建省，這是中國(guó)近代史上的一件大事，也是臺(tái)灣歷史的一個(gè)重要里程碑。臺(tái)灣建省后，地方行政建置得到新的發(fā)展，被劃分為三府、一直隸州、十一縣、五廳。
　　閩臺(tái)行政建制關(guān)系有兩個(gè)十分顯著的特征：一是在清朝對(duì)閩臺(tái)地區(qū)的管轄中，軍事鎮(zhèn)守色彩濃厚。清初，東南地區(qū)最高軍政長(zhǎng)官為閩浙總督。順治十五年（1658年），為加強(qiáng)對(duì)明鄭用兵，專設(shè)福建總督。此后建制有所反復(fù)，雍正十二年（1734年）最終定制為閩浙總督。清朝總督一般都兼管數(shù)省，一省專設(shè)總督的情況比較少見(jiàn)，可見(jiàn)其對(duì)閩臺(tái)海防之重視。為了確保對(duì)東南地區(qū)的控制，清朝還在福州設(shè)將軍，在長(zhǎng)樂(lè)琴江設(shè)水師旗營(yíng)。臺(tái)灣海峽一旦有警事，軍隊(duì)可立即出動(dòng)。乾隆晚年，以福建督撫、福建水陸兩大提督及福州將軍輪流巡視臺(tái)灣的規(guī)例替代之前的巡臺(tái)御史制度，加強(qiáng)了閩臺(tái)軍事一體化。