《中國行政區(qū)劃通史·明代卷（第2版）》：
　　明朝南京的政區(qū)管轄范圍是在洪武元年（1368）之前逐步形成的，在丙申年（1356）七月朱元璋已在應(yīng)天府設(shè)置了江南行中書省。但是由于平定各地的時(shí)間相差很大，江南行省初置時(shí)的轄區(qū)還很小。隨著各地的相繼平定，元末各路相繼改設(shè)為府，江南行省的管轄范圍不斷擴(kuò)大，至洪武元年八月己巳罷行省設(shè)南京時(shí)，周圍歸其管轄的府有17個(gè)，元代河南江北行省東半部及江浙行省北部盡歸其下。洪武十一年正月改南京為京師，永樂十九年（1421）正月改稱南京，洪熙元年（1425）三月戊戌仍為京師，正統(tǒng)六年（1441）十一月甲午復(fù)改稱南京。
　　洪武元年之后除廣興府于洪武四年改為直隸州，湖州府和嘉興府洪武十四年改隸浙江布政司外，其他府及直隸州的變化都與臨濠府（后改中立府、鳳陽府）有關(guān)。和州、徐州、滁州先是從其他的府改屬臨濠府，后又陸續(xù)劃出改為直隸州；壽州、泗州則是經(jīng)歷了劃人一劃出一再劃入的過程。洪武二十二年滁州改直隸州后，南京的府級(jí)政區(qū)固定了下來。
　　明代南京縣級(jí)政區(qū)大多是沿用元末的縣，元末眾多的散州也都被降為縣。洪武二十二年之后，南京新設(shè)置的縣寥寥無幾。南京直轄的政區(qū)與周邊布政司的邊界除鳳陽府與河南布政司交界處因州縣改屬在洪武年間發(fā)生過大的變動(dòng)外，其余基本在洪武元年已經(jīng)確定下來。嘉靖二十一年（1542）后，南京有府14、直隸州4、屬州17、縣97，下文以此為時(shí)間斷限敘述南京府州縣變遷。
　　府
　　（一）應(yīng)天府
　　朱元璋于丙申年三月辛卯改元江浙行省集慶路為應(yīng)天府，仍領(lǐng)集慶路下的上元（附郭）、江寧（附郭）、句容3縣與溧水、溧陽2州。當(dāng)年七月己卯以應(yīng)天府為江南行中書省治。洪武元年八月己巳明朝在應(yīng)天府建都，稱南京。
　　洪武二年，溧水、溧陽2州降為縣。九年三月隨著江浦縣的設(shè)置，應(yīng)天府開始向江北擴(kuò)展。二十二年二月?lián)P州府六合縣的改屬使應(yīng)天府在江北進(jìn)一步發(fā)展。弘治四年（1491），從溧水縣析出高淳縣，此后應(yīng)天府一直領(lǐng)8直轄縣。府治在今江蘇南京市。
　　上元縣，倚。太祖丙申年遷縣治于今南京市東南的淳化鎮(zhèn)，第二年復(fù)還治南京。
　　江寧縣，倚。治在今南京市。
　　句容縣，治在今江蘇句容市。
　　溧陽縣，元集慶路溧陽州，丙申年三月隸應(yīng)天府，洪武二年降州為縣。治在今江蘇溧陽市。
　　溧水縣，元集慶路溧水州，丙申年三月隸應(yīng)天府，洪武二年降為縣。治在今江蘇南京市溧水區(qū)。
　　高淳縣，弘治四年以溧水縣高淳鎮(zhèn)置，治在今江蘇南京市高淳區(qū)。
　　江浦縣，洪武九年三月乙丑“置江浦縣，割滁、和二州及六合縣之地屬之，隸應(yīng)天府”①。治在南京西北蒲鎮(zhèn)，洪武二十五年七月己酉移于今江蘇南京市浦口區(qū)。
　　六合縣，元為揚(yáng)州路真州屬縣，明初仍屬真州。洪武二年廢真州，六合縣改直隸揚(yáng)州府。洪武二十二年二月丙辰“以揚(yáng)州府六合縣屬應(yīng)天府”②，治在今江蘇南京市六合區(qū)雄州街道滁河北岸。
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