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本書實例意在解決生物學(xué)問題，通過“編程技法”的形式，涵蓋盡可能多的組織、分析、表現(xiàn)結(jié)果的策略。在每章結(jié)尾都會有為生物研究者設(shè)計的編程題目，適合教學(xué)和自學(xué)。本書由六部分組成：Python語言基本介紹，語言所有成分介紹，高級編程，數(shù)據(jù)可視化，生物信息通用包Biopython，最后給出20個編程秘笈，范圍涵蓋了從二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、多序列比對到蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的廣泛話題。此外，本書附錄還包括了大量的生物信息常用資源的信息。

　　在幾年前，編程只是計算科學(xué)工作者的特權(quán)。雖然如此，編程正加速變成生物等其他領(lǐng)域?qū)＜业囊环N需要。作為一個生物學(xué)研究者，不需要對成為一個編程專家感興趣，但是需要把編程作為多個工具中的一種來繼續(xù)科學(xué)工作�？赡茏x者已經(jīng)意識到編程技巧可以大幅地加速管理和分析數(shù)據(jù)。可能讀者需要處理大規(guī)模的數(shù)據(jù)，多次重復(fù)某種相同的分析，或者從一個非通用格式的文件中解析數(shù)據(jù)。可以確信的是，在所有這些情形下，編程可以幫助你。然而，因為讀者從來沒有對“枯燥無味”和“概念艱深”的計算機科學(xué)學(xué)科有很大興趣，就可能會感到不習(xí)慣。如果是這樣的情況，這本書是適合你的。
　　本書是為那些需要更多地掌控數(shù)據(jù)，因此需要學(xué)習(xí)一些編程的生命科學(xué)工作者而寫的。目標(biāo)是使得那些以前沒有編程經(jīng)驗的生物科學(xué)工作者能夠自己用Python對生物數(shù)據(jù)進行分析。
　　在前言中，包括全書內(nèi)容的概述及編程介紹，最后是對Python編程語言的概覽。
　　我們希望這本編程書是為生物學(xué)工作者的讀者量身定制的，能幫助分析讀者的數(shù)據(jù)，從而盡早有所收獲。
　　本書內(nèi)容概述
　　本書中，讀者不僅能夠?qū)W到如何編程，還有怎樣管理數(shù)據(jù)，包括了從文件中讀取數(shù)據(jù)，分析和處理它們，把結(jié)果寫到文件中或計算機屏幕上。每個在本書中描述的單個代碼段都旨在解決生物學(xué)問題，每個例子都處理生物疑問。本書的目標(biāo)是包含盡可能多的實例，覆蓋更多的組織、分析和表現(xiàn)數(shù)據(jù)的策略，用“編程秘笈”的方式來解決生物問題。在每一章后面的自測題可以用來自測或在對面向生物學(xué)工作者的編程課程上使用。
　　本書分六部分組織，共21章。第一部分介紹Python語言，如何寫第一個程序。第二部分介紹這個語言的所有基本元件，使讀者能夠獨立地寫小的程序。第三部分是關(guān)于運用技巧來創(chuàng)建組織優(yōu)良、性能高效和代碼正確的較長的程序。第四部分致力于數(shù)據(jù)可視化，可以學(xué)到如何繪制數(shù)據(jù)，或者為一篇文章或演示用的PPT文件配圖。還介紹了PyMOL，一個對大分子結(jié)構(gòu)可視化的程序。第五部分介紹Biopython，它可以幫助讀寫多種生物文件格式，便捷查詢NCBI的在線數(shù)據(jù)庫，從網(wǎng)絡(luò)上檢索生物記錄。第六部分是一個實用手冊，包含了20個特定的“編程秘笈”，從二級結(jié)構(gòu)預(yù)測和多序列聯(lián)配分析到蛋白三維結(jié)構(gòu)的疊加。
　　此外，這本書還有四個附錄。附錄A提供了包括Python和UNIX命令的概覽；附錄B列出了幾個在網(wǎng)上免費可用的Python資源的鏈接；附錄C包含了遍布在本書中引用的樣本文件格式，例如序列的FASTA格式，序列的GenBank格式， PDB文件和MSA示例等。最后，附錄D是一個簡短的UNIX教程。
　　什么是編程
　　這本書將講授如何寫程序。程序準(zhǔn)確地說是什么呢？一個程序在概念上類似一個菜譜。正如菜譜在開始時列出了成分和廚具一樣，

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