蔡元培：從北京大學校長到監(jiān)察院長
　　蔡元培為清末翰林，后倡言革命，創(chuàng)立光復會。民國初造，他出任教育總長，后因不滿袁世凱獨裁而離職赴法留學�！岸�次革命”期間回國協(xié)助孫中山，失敗后再次赴法國留學。
　　1868年1月11日，蔡元培生于人杰地靈的浙江紹興。蔡元培乳名阿培，入塾后，取名元培。原字鶴卿，后改字仲申，曾化名蔡振、周子余。創(chuàng)辦愛國學社時，自號民友。任《警鐘日報》主編時，自謂“吾亦一民耳，何謂民友？”于是取《詩經(jīng)?大雅》中“周余黎民，靡有孑遺”兩句中各一字，改號孑民，以后便一直沿用。
　　蔡元培家世代經(jīng)商，祖父曾任當鋪經(jīng)理，父親當過錢莊經(jīng)理。蔡元培弟兄三人中，屬他最聰穎好學，父親對他著意培養(yǎng)，延聘塾師來家中課讀。他11歲時父親去世，家道中落。母親周氏，克勤克儉，典賣首飾，撫養(yǎng)稚子成人，并經(jīng)常以“自立”和“不依賴”勉勵他們。父母的言行，對蔡元培的性格有很大影響。他一生勤奮，為人寬厚和不茍取，就是從小在這樣的家庭環(huán)境的潛移默化下養(yǎng)成的。父親去世后請不起家庭教師，他便到別處附讀。由于家貧不能經(jīng)常點燈，他便借爐灶火光映照夜讀。有一次，他在樓上讀書，宅中起火，舉家驚慌，疾呼他下樓，他因全神貫注于書本，竟然毫不察覺。
　　5歲時，蔡元培入私塾讀書，為了應科舉考試，他從12歲開始習作八股文。因他在寫文章時常用古書中的通假字換常字，用古書中奇特的句法換常調，被人笑稱“怪八股”。17歲時，參加小考，文章“筆輕而靈，意曲而達”，“論尤警當，與眾不同，詩亦有動日句”，“簡潔名貴，滴滴歸原”，考中秀才。蔡元培從此結束了私塾學習生涯，在家鄉(xiāng)設館教書，當起了塾師。兩年之后，蔡元培到同鄉(xiāng)徐樹蘭家當陪讀，并幫助�？彼�刻藏書。四年里，蔡元培翻閱了徐家十余萬卷藏書，博覽群書，學識大長。
　　1889年秋，蔡元培赴杭州參加鄉(xiāng)試，得中舉人，同科舉人有徐維則、王佐、童學琦、汪大燮、汪康年等。第二年春，蔡元培和徐維則一道北上京城，參加為光緒皇帝親政所舉行的恩科會試。蔡元培榜上有名，在本科錄取的327名貢士中名列第80位。會試中被錄取貢士后，還需經(jīng)殿試合格，方可稱進士出身�！耙虻钤嚦�考的名次均以字為標準，我自量寫得不好”，蔡元培未參加本科殿試。三年后，蔡元培補行殿試，被錄取為第二甲第34名進士。之后，在朝考中列名第一等，被點為翰林院庶吉士。1894年，蔡元培通過散官考試，升格為翰林院編修。年僅27歲的蔡元培，已是一名才華橫溢，“聲聞當代，朝野爭相結納”的士大夫了。翰林院編修是個閑職，蔡元培沒有多少事可做，每日足不出戶，鉆研古文詩詞，“都無做官意，唯有讀書聲”。
　　年輕的蔡元培在科舉仕途上一帆風順、平步青云之時，清王朝卻由于外國侵略者的一再打擊和它自身的腐朽，正處于風雨飄搖、日趨沒落中。甲午戰(zhàn)敗，《中日馬關條約》簽訂，國勢衰微，維新運動隨之興起。蔡元培在嚴重的民族危機面前，幡然覺醒，擺脫仕途，開始涉獵“新學”，思想為之一變，走向革命。戊戌變法失敗后，蔡元培“知清廷之不足為，革命之不可已，乃浩然棄官歸里，主持教育以啟發(fā)民智”。1898年9月，蔡元培攜眷回到紹興老家。
　　歸鄉(xiāng)后，蔡元培先后被聘為紹興中西學堂監(jiān)督、嵊縣剡山書院院長。這是蔡元培教育救國思想的萌芽，也是他委身教育服務于新式學校的開始。蔡元培熱心家鄉(xiāng)的教育事業(yè)，實地考察之后，寫成《浙江籌辦學堂節(jié)略》，主張在省城杭州設一高等師范學堂、一高等學堂、一中學堂，以及若干小學堂和蒙學堂，在縣城各設一小學堂和若干蒙學堂，在各鄉(xiāng)設若干蒙學堂。
　　1901年8月，蔡元培應聘為上海南洋公學特班教授。南洋公學是盛宣懷創(chuàng)辦的一所訓練洋務人才的學校，是今天上海交通大學的前身。特班于1901年增設，是培養(yǎng)高材生的，其章程第一條規(guī)定：“特設一班以待成材之有志西學者。”在南洋公學，蔡元培培養(yǎng)的學生中有黃炎培、邵力子、洪允祥、李叔同等40余位名人。
　　在教學的同時，蔡元培開始涉足報界和出版界。10月，他與好友張元濟合議創(chuàng)辦《開先報》（后改名為《外交報》）。同時，他選錄梁啟超、嚴復等名士著譯文章42篇，編輯為《文變》一書。蔡元培還兼任商務印書館編譯所所長，負責制定國文、歷史、地理三科教科書的編纂體例。
　　1902年4月，蔡元培和葉瀚、蔣觀云等上海教育界人士發(fā)起成立了中國教育會，蔡為會長。中國教育會以教育中國男女青年，開發(fā)其智識，而增進其國家觀念，以為他日恢復國權之基礎為目的，“表面辦理教育，暗中鼓吹革命”，是20世紀初年國內最早的革命團體。教育會成立不久，即創(chuàng)辦了一所愛國女校。隨后為了接納南洋公學學潮中的退學學生，蔡元培又創(chuàng)辦了愛國學社，并被推選為學社總理。
　　愛國女校和愛國學社以倡言革命為己任，是革命黨人活動的重要場所。蔡元培還和吳稚暉、章太炎等在《蘇報》上連續(xù)發(fā)表鼓吹反清革命的評論文章，“崇論橫議，震撼一世”。
　　1903年4月，拒俄運動興起，中國教育會與東京留日學界緊密呼應，在上海開展了拒法、拒俄運動，蔡元培是這一運動的主要領導者之一。他還創(chuàng)辦了刊物《俄事警聞》（后改為《警鐘日報》），專門登載俄兵侵犯滿洲的消息，并抨擊清政府外交的失敗，以通過反帝愛國的宣傳，激發(fā)人們的反清革命意志。
　　中國教育會在張園舉行演說會，1200多人參加了集會。蔡元培首先作了慷慨激昂的演講，接著宣讀東京留日學生的來電，當他讀到“俄禍日急，留日學生已電北洋主戰(zhàn)，結義勇隊赴敵，望協(xié)助”時，全體與會者列隊向東行一鞠躬，以表示對留日學生的支持和敬意。上�！蹲至治鲌蟆穼Υ朔Q贊說：“夫中國立國以來二千余年，其人民有愛國心者，自此次會議開始�！睍�后，蔡元培以愛國學社學生為基礎組成義勇隊，進行軍事訓練。他本人也剪短頭發(fā)，身穿制服，與師生同受軍訓。
　　張園集會引起清政府的嫉恨，要求江蘇巡撫“即將為首之人密拿嚴辦”。蔡元培身處險境，臨危不懼，仍熱心愛國學社工作。這時，愛國學社學生發(fā)生內訌，蔡元培痛心疾首，憤然辭職離開上海前往青島。十余天后，《蘇報》案發(fā)，章太炎、鄒容被捕入獄，蔡元培因遠在青島而幸免。
　　蔡元培認為革命只有兩途，一是暴動，一是暗殺。受俄國民粹派的影響，他思想上傾向于暗殺�！短K報》案風波過后，蔡元培回到上海，繼續(xù)從事革命活動，并加入暗殺團。當時，因武裝起義計劃泄露，黃興等華興會會員避難上海。蔡元培參與了華興會在上海的活動，深受啟發(fā)，決定仿照華興會成立光復會。蔡元培和獄中的章太炎詳細籌劃，經(jīng)各方努力，光復會很快成立，蔡元培被推為會長。光復會以“光復漢族，還我山河，以身許國，功成身退”為宗旨。光復會發(fā)展很快，徐錫麟、陶成章、柳亞子、黃炎培、劉師培、秋瑾、孫毓筠等都是光復會會員。蔡元培逐漸成為東南地區(qū)革命活動的核心人物。同盟會成立后，光復會納入同盟會的領導之下，蔡元培任同盟會上海分會會長。
　　1906年夏，清政府擬派翰林院編檢出國。蔡元培一直希望能到歐洲國家學習，得此消息，便將同盟會上海分會會長一職委托黃炎培代理，于8月底只身一人來到北京等候派遣。就在蔡元培準備赴歐之際，清廷卻因經(jīng)費短缺，決定改派日本。蔡元培不愿去日本，決意赴德游學，只好暫時留京，從長計議。天賜良機，次年春，蔡元培故交孫寶瑄之兄孫寶琦出任駐德公使，孫寶琦答應接納他為駐德公使職員，并允以每月資助學費30兩。7月初，蔡元培隨孫寶琦一行來到柏林，半工半讀由此開始了他為期四年多的留學生活。
　　蔡元培在柏林生活一年之后，遷居萊比錫，進入萊比錫大學主修哲學。蔡元培在異國他鄉(xiāng)如饑似渴地學習新知識，從哲學到文學，從心理學到美學，從民族學到比較文明史，從美術史到自然科學發(fā)展史，幾乎涵蓋了所有的人文學科。1909年，蔡元培破例進入萊比錫大學文明史和世界史研究所學習。
　　留學期間，蔡元培依據(jù)西洋學術史的原則，在日本學者研究東洋倫理學史的基礎上，系統(tǒng)整理了我國傳統(tǒng)的倫理學說，寫成《中國倫理學史》。全書將中國倫理學史的發(fā)展分為“先秦創(chuàng)始時代”、“漢唐繼承時代”和“宋明理學時代”。蔡元培認為，我國四千年來的倫理學說，先秦最盛，倫理學說是儒、道、農、墨、法、名各家的重要組成部分。漢代以后，儒、道、釋三教并存，儒教始終是倫理學的正宗。自漢而唐，倫理學方面成一家之言者屈指可數(shù)。宋、明兩代，朱熹、陸九淵兩派一直是倫理學的主流。此外，蔡元培還翻譯了康德派哲學家包爾生的著作《倫理學原理》。該書由商務印書館出版后，引起國內學者的關注，被一些學校采用為倫理學教科書。
　　蔡元培在研究倫理學的同時，對國學中素不重視的“美學”也產(chǎn)生了極大興趣�！懊烙�者，孑民在德國受有極深之印象，而愿出全力以提倡之者也”�！懊烙�”一詞，即是蔡元培從德文Asthetische Erziehung譯得。蔡元培畢生都不遺余力地提倡美育，強調美育是養(yǎng)成健全人格所不可缺少的因素�！爸袊�之有美學，實以蔡元培先生提倡為最早”，“以美育代宗教”是蔡元培美育思想中的一個重要理論。
　　辛亥革命爆發(fā)后，蔡元培于1911年12月結束其在德國的工讀生活回到上海。中華民國臨時政府成立后，蔡元培出任教育總長。民國初建，百廢待興。1912年初，蔡元培主持教育部先后頒布了《普通教育暫行辦法》、《普通教育暫行課程標準》、《民國教育部官職令》以及一些教育法令，改革清末舊學制，以確保近代教育思想和方針的實施，其主要內容有：小學廢止讀經(jīng)；廢禁清廷頒布的教科書，各科教科書必須符合共和國國民宗旨；稱呼上改學堂為學校；初等小學男女不分校；廢止獎勵出身的舊制等。蔡元培極為提倡社會教育，致力于普及教育、有教無類，他在教育部內設有社會教育司，由教育部通令各省推行社會教育，使社會教育首次在教育行政上獲得了獨立地位。
　　南北議和告成，蔡元培受命率領迎袁專使團，北上迎袁南下就任民國臨時大總統(tǒng)。袁世凱不肯南下，大耍兩面派伎倆，使得蔡元培對其一手導演的京、津、保地區(qū)“兵變”信以為真，最終袁世凱在北京宣布就職。袁世凱上臺后，蔡元培在唐紹儀內閣中繼續(xù)擔任教育總長。
　　1912年2月，蔡元培就任教育總長期間寫過《對于新教育之意見》一文，提出軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育及美感教育五項為今后的教育方針。該文否定了前清教育宗旨中“忠君”、“尊孔”最重要的兩條，指出“忠君與共和政體不合，尊孔與信教自由相違”，從而打破了兩千年來中國傳統(tǒng)的封建教育兩條不可動搖的信條。除了“破”的功勞外，該文還有“立”的意義，蔡元培首倡德、智、體、美四育，從而為民主共和教育奠定了第一塊基石�！秾τ谛陆逃�之意見》一文實際上承擔了中國新興資產(chǎn)階級在教育方面的綱領性作用，體現(xiàn)出辛亥革命的偉大成果和民主共和精神。該文不僅具有反封建的進步意義，對民國以后教育的影響也很大。
　　針對傳統(tǒng)封建專制影響下的一些軍政人員私德不夠、缺乏民主共和思想素養(yǎng)的社會現(xiàn)象，蔡元培等在上海發(fā)起成立“進德會”。隨后他又和宋教仁等發(fā)起組織“社會改良會”，闡明宗旨在以人道主義及科學知識為標準而定改良社會之條件，列舉改革社會上種種惡習，提出不狎妓、不置婢妾、不賭博、破除迷信、為官不受饋贈等共36條，以圖通過這一組織的提倡，為新的民主共和社會樹立新風。
　　在蔡元培及同仁的竭誠努力下，全國臨時教育會議于1912年7月10日在北京正式開幕。這次會議歷時一個月，通過了23項提案，在我國近代教育史上具有劃時代的意義。它開創(chuàng)了中國近代教育的先河，新的教育制度在我國以法律的形式開始確定下來，奠定了中國近代教育體制的基礎，是對清朝教育制度的一次徹底否定。
　　因不滿袁氏獨裁專政，蔡元培在全國臨時教育會議期間，辭去教育總長職務。蔡元培卸職后，攜眷赴萊比錫大學文明史和世界史研究所從事研究工作。宋教仁案發(fā)生后，蔡元培接到孫中山的電召，邀他回國共商討袁對策，便迅速返國參加二次革命。蔡元培雖然主張反袁，但在方法上卻不贊成孫中山提出的武力討袁之法，而想通過和平調解來解決南北方的沖突。后調停不成，他又寫了一系列文章抨擊袁世凱專制。二次革命失敗后，蔡元培無法繼續(xù)留在國內，只好游學法國。前后兩次西方留學的經(jīng)歷使得他主張向西方學習，反對閉關自守。
　　旅法期間，蔡元培學習之余，協(xié)助李石曾、汪精衛(wèi)、吳稚暉和吳玉章等人辦理留法儉學會，幫助留法青年。1916年3月，中法兩國合辦的華法教育會在巴黎成立，蔡元培任中方會長，并在該會開辦的華工學校親自授課，并前后為華工學校編了德育、智育講義40篇左右，講義內容多含哲理和積極的辯證法因素，具有啟迪民智的作用。
　　蔡元培是旅法學界的一面旗幟，華法教育會的創(chuàng)立既為中國有志青年提供了留法勤工儉學的機會，更促進了法國文化科學在中國的傳播。留法勤工儉學，在中國近代教育史和留學史上是前無古人后無來者的創(chuàng)舉，也是國人向西方學習的十分有益的新形式。這種形式在五四前后獲得了較大發(fā)展，為國內許多無力出國求學的青年提供了半工半讀留學法國的機會，也促成了中西文化的進一步碰撞與交融。
　　1916年，蔡元培任北京大學校長，倡導“思想自由，兼容并包”的辦學方針，進行了大刀闊斧的改革。他廣攬人才，設立了研究所，開近代中國大學之先河，使北京大學成為中國的名校。
　　1916年9月初，蔡元培收到教育部總長范源濂來電，電云：“國事漸平，教育宜急�，F(xiàn)在首都最高學府，尤賴大賢主宰，師表群倫。海內人士，咸深景仰，用特專電敦請我公擔北京大學校長一席，務祈鑒允，早日歸國，以慰瞻望。啟行在即，先祈電告。”蔡元培接電報后，心情難以平靜，當即決定歸國就職。
　　12月26日，北洋政府正式任命蔡元培為北京大學校長。1917年元月，北大舉行開學典禮，蔡元培發(fā)表著名的《就任北京大學校長之演說》。北京大學的前身是京師大學堂，這個全國最高學府的官僚腐敗習氣是出了名的，蔡元培在開學典禮上與北大學生約法三章：一是抱定宗旨，二是砥礪德行，三是敬愛師友。他教導北大學子，要“以研究學術為天職，不當以大學為升官發(fā)財之階梯”，“抱定宗旨”是要“為求學而來”，“宗旨既定，自趨正軌”。蔡元培的到來，給暮氣沉沉的北京大學帶來新的氣息。
　　當時，北京大學“像個衙門，沒有多少學術氣氛。有的教師不學無術，一心只想當官；有的教師本身就是北洋政府的官僚，學問不大，架子不��；有的教師死守本分，不允許有新思想”。學生則大多是官僚和富人子弟。蔡元培根據(jù)多年辦學經(jīng)驗，認為“大約大學之所以不滿人意者，一在學課之凌雜，二在風紀之敗壞。救第一弊，在延聘純粹之學問家，一面教授，一面與學生共同研究，以改造大學為純粹研究學問之機關。救第二弊，在延聘學生之模范人物，以整飭學風”。上任伊始，蔡元培開始了大刀闊斧的改革。
　　蔡元培破“年齡”和“資格”限制，廣攬人才。文科方面，聘請陳獨秀為文科學長，錢玄同為教授兼國文門研究所教員，劉半農為預科國文教授兼國文門研究所教員，周作人為教授兼國史編纂處編纂員，胡適為文科教授兼哲學研究所主任，李大釗為圖書館主任，兼任經(jīng)濟、史學等系的教授。他力排眾議，聘請梁漱溟到北大講授印度哲學。理科方面，蔡元培聘用國內第一個介紹愛因斯坦相對論的物理學家夏元瑮為理科學長，另陸續(xù)聘請李四光、丁文江、朱家驊等知名學者任教。法科方面，蔡元培留任司法部的王寵惠和羅文干為講師，解聘了不稱職的教員，并規(guī)定專任教員不得在他校兼課，政府官員不得為專任教員。北京大學名家云集，可謂群星閃爍。
　　北洋政府任命書
　　在“兼容并包”、“思想自由”八字方針指導下，蔡元培極力打造北大為“囊括大典，網(wǎng)羅眾家”的學府，使各派思想并存北大，百家爭鳴，爭奇斗妍，討論、研究之風盛極一時。他認為墨守成規(guī)，守一家之言，思想一元獨裁，是不可能使學術得到真正發(fā)展的。他還認為學術上派別林立是相對的，各學科教員即使主張不同，只要言之成理，持之有故，就應該并存，讓學生在思想的百家爭鳴中自由選擇。正是在蔡元培的鼓勵下，在北大“為學問而學問的精神蓬勃一時。保守派、維新派和激進派都同樣有機會爭一日之短長。背后托著長辮，心理眷戀帝制的老先生與思想激進的新人物并坐討論，同席笑謔。教室里、座談會上、社交場合里，到處討論著知識、文化、家庭、社會關系和政治制度等等問題。這情形很像中國先秦時代，或者古希臘蘇格拉底和亞里斯多德時代的重演”。此外，蔡元培熱心延請中外著名學者來校講演。梁啟超、章太炎、杜威、羅素、泰戈爾等都曾到北大講演，北大成為名副其實的全國最高學府。隨著陳獨秀、胡適、魯迅等新文化運動的猛將的到來，北大成為新文化運動的主要陣地。特別值得一提的是，北大教員中除了提倡新文化運動的進步人士，還有許多思想保守卻學術造詣頗深的著名學者，比如辜鴻銘、劉師培、黃侃、崔適等。
　　在蔡元培力倡下，1917年底，北大文、理、法三科各學門先后分別成立了研究所。文科研究所分哲學門、國文門和英文門，由胡適、沈尹默、黃振聲任主任；理科研究所分數(shù)學門、物理門和化學門，由秦汾、張大椿、俞同奎任主任；法科研究所由法律門、政治門、經(jīng)濟門組成，依次由黃右昌、陳啟修、馬寅初負責。后來于1919年12月又增設地質學研究所，何杰任主任。北大研究所的創(chuàng)立，開國內大學設立研究所之先河，具有開創(chuàng)性意義。
　　蔡元培積極引導北大學生創(chuàng)造進取活潑的精神生活，支持全校師生創(chuàng)辦刊物，組織各類學術研究團體。一時之間，各類團體如雨后春筍般出現(xiàn)在北大校園，“學生們打麻將、吃花酒的越來越少，研究學問和關心國家前途命運的越來越多”。到1919年初，北大已有各種團體20多個，打破了改革前沉悶、頹廢、腐朽的局面，學術討論和思想爭辯蔚為風氣，學校出現(xiàn)了生機勃勃的景象。
　　在管理方面，蔡元培仿效德國大學制度，改校長大權獨攬為民主辦校，設立評議會，實行教授治校。評議會是全校的最高立法機構和權力機構，評議員除校長外，包括各科學長和主任教員，各本科、預科教授二人，由教授自行互選，任期一年。1919年后，評議員的產(chǎn)生按名額分配，每5名教授選舉產(chǎn)生1名評議員。
　　為擴大教授治校的范圍，1917年12月，蔡元培主持召開評議會會議，決定設立各學科教授會，教授會會員由各科的教授和講師組成，教授會主任由會員選舉產(chǎn)生，任期兩年。1919年，采用分系制后，改由各系成立教授會，各系主任由教授會投票選舉。由此加強了各學科專家學者的責任心，調動了他們的積極性，提高了行政效率和教學質量，從而促進了學校的蓬勃發(fā)展。
　　1919年4月，各科教授主任組成全校統(tǒng)一的教務處，負責領導全校的教學工作，文、理、法各科學長制從此廢止。教務處設教務長，教務長從各系教授會主任中推選，任期一年。9月，設立行政會議，作為全校最高行政機構和執(zhí)行機關，負責實施評議會的各項決議。蔡元培建立的這套“教授治�！鳖I導體制，最大限度地排除了外界對教學工作的影響，保證了正常的教學工作。
　　蔡元培堅持平民教育、擇優(yōu)錄取的招生原則，使許多出身貧寒、學業(yè)優(yōu)秀的青年學子進入了北京大學。蔡元培還主張開門辦學，學校的學術活動和課堂的教學活動，都可以向社會公開，每年招收一定數(shù)量的旁聽生、選科生。蔡元培打破陳規(guī)，正式招收女生入學，開我國大學男女同校之先河。
　　在學制和體制方面，蔡元培也進行了大刀闊斧的改革。在學制改革方面，首先，擴大了文理兩科，增設史學門和地質學門；法科獨立，商科則并入法科；工科與北洋大學合并，預科改屬本科。其次，撤銷文理科界限，將各科所屬的專業(yè)一律改稱為系，學長制也因此廢除。另外，改年級制為選科制。大學本科應學滿80學分，必修、選修各占一半，可提前修滿畢業(yè)。
　　五四運動爆發(fā)后，蔡元培支持學生運動，甚至以辭職相抗，從而有了北大師生的“挽蔡護校”運動，并最終取得了勝利。后來，他又先后參與發(fā)起“好人政府”、“聯(lián)省自治”運動，均無果而終。
　　1919年5月1日，巴黎和會上中國外交失敗的消息傳到北京，人們震驚不已，尤其是思想敏銳、血氣方剛的青年學生更情緒激昂。1919年5月4日，北大學生領頭，各校學生3000余人齊集天安門開大會并列隊游行，趙家樓被燒，章宗祥被打，五四運動爆發(fā)，當局當場逮捕學生32人，其中北大學生20人。當日，教育部發(fā)出訓令給蔡元培等，訓令說：“本部為維持秩序，嚴整學風起見，用特切實通令各校對于學生當嚴盡管理之責，其有不遵約束者，應立即予開除，不得姑寬。以敦士習，而重校規(guī)�！贝稳粘浚�又明令各校校長將為首滋事學生一律開除。蔡元培對于學生的愛國行動是支持的，他拒絕聽從教育部的命令召回集會學生，回答說：“學生愛國運動，我不忍制止。”
　　5月5日下午2時，北京市14校校長在北大開會，成立了以蔡元培為首的校長團。蔡元培為營救被捕學生日夜奔忙，經(jīng)多方周旋，北洋政府于5月7日釋放了被捕學生。蔡元培因支持學生的愛國運動，得罪當局，北洋政府遂決定由馬其昶接替蔡元培。蔡元培以辭職相抗，于5月8日晚間遞送了辭呈。9日晨，便悄然離京南下。北大師生得知蔡元培辭職的消息后，召開全體教職員會議，決定推舉8人赴教育部請總長設法挽留蔡校長。
　　10日下午1時，北大代表馬敘倫、馬寅初、李大釗等赴教育部謁見教育總長傅增湘，表示：“如不能挽回蔡校長，亦決定一致總辭職。”這時，北京各國立專門學校校長也紛紛遞上辭呈，聲援北大師生的“挽蔡”行動。當日下午5時半，北京12所大學的校長在北大集會，認為“蔡之能挽回與否，非一校長之去留問題，與教育及外交前途，均有關系”。與此同時，北京中等以上學生聯(lián)合會也呈文教育部，力請挽留蔡元培校長。全國各界紛紛函電教育部支持“挽蔡”運動，相持數(shù)十日之久。徐世昌被迫于5月14日以總統(tǒng)名義簽發(fā)了留蔡指令：“該校長殫心教育，任職有年。值茲整飭學風，妥籌善后，該校長職責所在，亟待認真擘理，挽濟艱難。所請解職之處，著毋庸議�！�9月，新學期開始，蔡元培返京回校。北大師生的“挽蔡護�！比〉昧俗詈髣倮�。
　　五四運動后，北京教育界掀起教育獨立運動，反對軍閥官僚政客對教育的摧殘。蔡元培從歐洲考察回國后，撰文《教育獨立議》，聲援教育獨立運動。蔡元培在文章中指出，“教育是幫助被教育的人，給他能發(fā)展自己的能力，完成他的人格，于人類文化上能盡一分子的責任；不是把被教育的人，造成一種特別器具，給抱有他種目的的人去應用的。所以，教育事業(yè)當完全交與教育家，保有獨立的資格，毫不受各派政黨或各派教會的影響。”
　　1922年5月14日，由胡適起草，蔡元培領銜，王寵惠、羅文干、湯爾和、陶行知等16人簽名的《我們的政治主張》發(fā)表，提出“好人政府”的口號。蔡元培、胡適等人希望在吳佩孚的統(tǒng)治下，實現(xiàn)南北統(tǒng)一。吳佩孚掌權后，軍閥本性畢現(xiàn)，“好人內閣”僅維持了兩個月就垮臺了。
　　“好人內閣”破產(chǎn)后，張紹曾組閣，彭允彝就任教育總長。彭允彝“欲見好于一般政客”，“即于同日為干涉司法獨立與蹂躪人權之提議，且已正式通過國務會議”，使前財政總長羅文干以受賄罪再次被捕入獄。羅文干是北大兼職教員，蔡元培相信他不會貪污受賄。“元培目擊時艱，痛心于政治清明之無望，不忍為同流合污之茍安；尤不忍于此種教育當局之下，支持教育殘局，以招國人與天良之譴責。唯有奉身而遠，以謝教育界及國人。謹此呈請辭職，迅予派人接替，立卸仔肩�！�1923年1月17日，蔡元培憤然離京南下，蔣夢麟代行校長職務。
　　7月，蔡元培從上海乘輪船赴歐洲。蔡元培到法國后，一面從事著譯，一面協(xié)助李石曾辦理華法教育會及里昂中法大學的事務。1924年11月，蔡元培入德國漢堡大學，進行有關民族學的研究工作。在國民黨一大上，蔡元培被列為候補中央監(jiān)察委員，以后國民黨各次全國代表大會，他均被選為中央監(jiān)察委員。
　　1926年2月，應北洋政府教育部電請，蔡元培回國，他不愿繼續(xù)擔任北大校長，因而定居上海。“三一八”慘案發(fā)生后，蔡元培更加不愿北上，“今之北京狀況，可以說是較彭允彝時代又降下幾度”，于是他致電教育部，請辭北大校長之職。
　　北大教職員聞訊，致書蔡元培，稱：“本校為先生及同事數(shù)十百人十年來慘淡經(jīng)營之學校，……實已具有相當之規(guī)模。近數(shù)月來，校中同人，不避艱苦與危險，繼續(xù)在此間奮斗，亦無非欲繼先生之志，為國家成就一個真正講學機關。倘斯校境因官僚之壓迫摧殘而遭橫死，先生對于學校、對于在此間繼續(xù)奮斗之同人，其感痛為何如！倘先生之堅決言去，實速其死，先生之感痛更將何如！”情真意切，蔡元培只得暫不提辭職之事，并對北大評議會表示，他“將來必到校一次”。直到1927年張作霖執(zhí)掌北京政府，將北大和其他幾所國立學校合并成“京師大學校”后，蔡元培的校長名義才正式取消。
　　北伐開始后，蔡元培、褚輔成、沈鈞儒、許世英、黃炎培等于11月初發(fā)起組織蘇浙皖三省聯(lián)合會，主張“聯(lián)省自治”。不久浙江宣布自治，蔡元培被選為省務委員。此時，孫傳芳主力雖在江西被消滅，但他仍控制著浙江一帶。12月23日，孫傳芳明令取締蘇浙皖三省聯(lián)合，并通緝蔡元培、褚輔成、許世英等70余人，蔡元培被迫避居象山，后輾轉于南方各省宣傳革命。
　　大革命后期，蔡元培追隨蔣介石清黨反共，后成為國民政府的首任監(jiān)察院長。后來，他專心學術，主持中央研究院�！熬乓话恕笔伦兒�，他倡導民主自由，并任中國民權保障同盟副主席，營救革命志士。
　　隨著北伐戰(zhàn)爭的節(jié)節(jié)勝利，蔣介石的個人野心日益膨脹，反共獨裁傾向日趨明顯。1927年3月16日，蔣介石來到上海，聯(lián)絡各方，謀劃反共分共運動。蔡元培應蔣介石之邀，于兩日前抵達上海，頻頻參加各種會議，成了當時炙手可熱的政治人物。
　　3月28日，蔡元培、吳稚暉、李石曾、古應芬等召開國民黨中央監(jiān)察委員會常務會議，蔡元培任會議主席。吳稚暉秉蔣介石旨意，提議對共產(chǎn)黨進行彈劾。蔡元培表示同意，主張“取消共產(chǎn)黨人在國民黨黨籍”，吳稚暉的反共提案獲得通過，將即將掀起的反共惡浪美其名曰“護黨救國運動”。
　　4月2日，蔡元培、吳稚暉、李石曾、張靜江、古應芬、陳果夫、李宗仁、黃紹竑等8人，召開所謂中央監(jiān)察委員會全體會議（全體監(jiān)察委員共計20人，僅到8人，未過半數(shù)），蔡元培任主席。會議通過了吳稚暉提出的彈劾共產(chǎn)黨的文告，要求國民黨中央執(zhí)行委員會采取緊急措施，逮捕共產(chǎn)黨員。這次會議為蔣介石發(fā)動反革命政變提供了法律根據(jù)和輿論準備。
　　4月3日至5日，蔣介石、蔡元培、張靜江、吳稚暉、李石曾、汪精衛(wèi)在上海連續(xù)舉行秘密會議，策劃反共清黨。
　　4月8日，吳稚暉、何應欽等組織的上海臨時政治委員會舉行第一次委員會議，蔡元培為委員之一。該會規(guī)定：“得以會議方式?jīng)Q定上海市一切軍事、政治、財政之權，并指導當?shù)攸h務”，從而篡奪了中國共產(chǎn)黨領導上海工人三次武裝起義勝利后建立起來的上海市人民政權。
　　4月9日，蔡元培、吳稚暉、李石曾等8人以國民黨中央監(jiān)察委員名義聯(lián)合發(fā)表了“護黨救國”通電，公開為蔣介石的“清黨”活動張目。
　　4月12日，開始反革命大屠殺，上海市血流成河。
　　4月15日，國民黨二屆四中全會在南京召開。當時，國民黨執(zhí)監(jiān)委共有50余人，而在南京的中央委員僅有蔣介石、蔡元培、張靜江、吳稚暉和李石曾等十余人。由于不夠法定開會人數(shù)，會議遂改名為談話會。此次會議否認了武漢國民黨中央黨部和武漢國民政府的合法性，決定在南京重建國民政府。
　　4月18日，南京國民政府舉行成立典禮。蔡元培代表國民黨中央黨部授印，并發(fā)表演說，指責武漢國民政府是“受共產(chǎn)黨妨害”和俄國人操縱的“破壞政府”，要消滅這個政府。不久，蔡元培被任命為南京國民政府首任監(jiān)察院院長。
　　這一時期，是蔡元培從政生涯的高峰，同時也是其政治生命中較為晦暗的時期。
　　書生從政，本色不改�！扒妩h”運動后，蔡元培專心教育事業(yè)。4月20日，蔡元培被任命為教育行政委員會委員，與李石曾、汪精衛(wèi)一起組成教育行政委員會。
　　在蔡元培、李石曾等人提議下，南京政府改教育部為大學院，并任命蔡元培為大學院院長。大學院是當時最高學術教育機關，管理全國學術及教育行政事宜。蔡元培上任后，采取了一系列改革措施。1928年2月21日，蔡元培頒布大學院通令，廢除全國春秋祀孔典禮。蔡元培將北京政府時代分屬于各部院機關的中央教育學術機關并歸大學院主管，在我國教育史上第一次將各教育學術機關統(tǒng)一起來。蔡元培的教育改革設想很快遇到阻力，8月14日，南京政府在行政院下設立教育部，實際上取消了大學院。
　　與大學院制相配套的是大學區(qū)制。蔡元培提議國民政府仿行法國實行大學區(qū)制，但這項提議從一開始就遭到責難。1928年6月，張作霖退出北京，國立京師大學校隨之解散，大學院通過了設立北京大學區(qū)案。不料北平各校均反對大學區(qū)組織，北京大學學生最激烈，多次舉行示威游行，反對大學區(qū)制。最后，國民政府做出讓步，北京大學勝利復校，至此大學區(qū)制無法實行下去。
　　大學院和大學區(qū)制的失敗，使蔡元培倍感失望，他決定辭去國民黨中央政治會議委員、國民政府委員、大學院院長及兼代司法部長等本兼各職。國民政府極力挽留，并先后派宋子文、孔祥熙等政要“躬親敦促”。直到蔡元培第四次遞送辭呈，才照準。蔡元培逐漸遠離政治，“愿以余生，專研學術”，專心致力于中央研究院的工作。
　　中央研究院于1928年6月9日在上海正式成立，蔡元培任院長。中央研究院“就名義而言，既為全國最高學術研究機關，就職責言，又兼學術之研究、發(fā)表獎勵諸務，實綜合先進國之中央研究院、國家學會及全國研究會議各種意義而成”。中央研究院的成立標志著舊中國科研學術的新發(fā)展，極大地促進了國內外的學術交流。蔡元培雖是研究院的“一把手”，但他堅持無為而治的思想，傾聽學者意見，從不干涉他們的研究工作。同時，蔡元培盡職盡責，利用自己的地位和聲望，為研究工作排憂解難。
　　當時，英、法、德、美、日等國家的學者，打著“學術科研”的幌子，來華進行文化侵略。為此，中央研究院規(guī)定：外國學者來華考察，不得從事與學術無關的活動，所采集的標本須留復本一份于中國，若無復本，則應將正本留歸中國。在考察過程中，中央研究院要派員參加。這樣一來，既可以與國外學者進行合作，又可以達到維護文化主權的目的。
　　“在他（蔡元培）的慘淡經(jīng)營下，中研院才能萌芽、茁壯，才能開出美麗的學術之花。在民國十八年（即1929年），中央研究院已有物理、化學、工程、地質、天文、氣象、歷史、語言、心理、社會科學等研究所，網(wǎng)羅全國最優(yōu)異的研究人才，又有自然博物館，在學術領域中，分別居于領導的地位。這些成績，都是元培先生創(chuàng)造出來的�！敝醒胙芯吭旱某煽兊玫酵鈬�同行的認可。1932年，法蘭西學院贈與中央研究院白里安獎金；1934年7月，波斯的亞細亞學院將中央研究院列為名譽會員。
　　“九一八”事變后，蔡元培認為在此國難之際，保障民權尤為必要，只有民權得到保障，全國上下才能精誠團結，共赴國難。為此他與宋慶齡、鄧演達等發(fā)起成立了中國民權保障同盟，并任同盟副主席。蔡元培在同盟成立大會上指出：
　　本同盟之目的：（一）為國內政治犯之釋放與非法的拘禁、酷刑及殺戮之廢除而奮斗。本同盟愿首先致力于大多數(shù)無名與不為社會注意之獄囚；（二）予國內政治犯以法律及其他之援助，并調查監(jiān)獄狀況，刊布關于國內壓迫民權之事實，以喚起社會之公意；（三）協(xié)助為結社集會自由、言論自由、出版自由諸民權努力之一切奮斗。
　　同盟成立后，蔡元培、宋慶齡等人四處奔走，先后營救過牛蘭夫婦、陳獨秀、許德珩、廖承志、羅登賢、余文化、丁玲、潘梓年等人，保護了許多政治犯。
　　中國民權保障同盟在北平設立分會，擴大其影響力。國民黨當局不能容忍同盟的活動，急欲除之而后快，但鑒于蔡元培、宋慶齡的特殊身份，不敢打他們的主意，便向同盟的第三號人物楊杏佛下了毒手。楊杏佛遇害后，中國民權保障同盟的活動被迫停止，不久該組織無形消散。蔡元培沒有因此而停止爭取民權的斗爭，仍然盡己所能保護革命志士。
　　魯迅逝世后，蔡元培頂住壓力，親自主祭魯迅葬禮，號召人們“要踏著前驅的血跡，建造歷史的塔尖”，“使魯迅先生的精神永遠不死”。1938年，《魯迅全集》出版時，蔡元培作序，盛贊魯迅：“先生閱世既深，有種種不忍見不忍聞的事實，而自己又有一種理想的世界，蓄積既久，非一吐不快”。“他的感想之豐富，觀察之深刻，意境之雋永，字句之正確，他人所苦思力索而不易得當?shù)模�他就很自然的寫出來，這是何等天才！又是何等學力！”其著述“蹊徑獨辟，為后學開示無數(shù)法門，所以鄙人敢以新文學開山目之”。
　　日軍入侵上海，蔡元培舉家逃亡香港，雖年老體衰，他卻念念不忘祖國抗日大業(yè)，任國際反侵略大會中國分會名譽主席，一首《滿江紅》，砥礪士氣。1940年3月5日，病逝于香港，極具哀榮。
　　1936年，蔡元培已是古稀老人。一年前，他辭去一切兼職，極少參加社交活動，在家頤養(yǎng)天年。這年，蔡元培的朋友、學生以各種形式慶賀他的七十壽辰。蔣夢麟、胡適等人發(fā)起為其籌資建屋的活動，后因日軍入侵未果。
　　1月11日，中央研究院舉行慶典，祝賀蔡元培七十壽辰。1月19日，中國科學社上海社友在靜安寺路萬國總會舉行酒會，為蔡元培賀壽。2月1日晚，旅滬北京大學同學50多人在滄州飯店為蔡元培慶祝七十大壽，并敬送壽屏。2月9日晚，黃炎培、何應欽、張學良、顧維鈞、杜月笙、沈鈞儒、柳亞子等170多人與中華職業(yè)教育社、鴻英教育基金董事會、東方文化協(xié)會、上海美專校董會等6個團體在國際飯店為蔡元培祝壽，孫科致祝詞。2月16日，南京北京大學同學會在中央飯店舉行春季聚餐會，慶祝蔡元培七十壽辰。2月23日，上海學術界胡樸安、舒新城等發(fā)起征集學者文人撰寫論文、詩詞及繪畫，匯刊慶祝蔡元培七十歲、柳亞子五十歲的《蔡柳二先生壽辰紀念集》一冊。4月23日，國立音樂�？茖W校師生舉行演奏會，慶祝蔡元培七十誕辰。這次演奏會實況由上海廣播電臺經(jīng)南京中央廣播電臺轉播全國。
　　蔡元培風風光光地過完了七十壽辰。但畢竟歲月不饒人，年老體弱的蔡元培，生日之后不久，就大病一場，幸而及時搶救，才轉危為安。
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